TMB2

sort -u    ： 文件内容去重

$() 或 ``   ： 先完成（运行）里面的命令行，然后将其结果替换出来，再重组成新的命令行。

echo: 

1. echo指令用于字符串的输出。

       Echo “dffgg”

 2.  echo $a ------ 表示输出变量a

grep -v

1. 使用grep -v 可以实现NOT操作。-v选项用来实现反选匹配的（invert match）。如，可匹配得到除下指定pattern外的所有lines。

2. grep -v 'pattern1' filenamewc -l或--lines :只显示行数。

id=TCGA.READ.muse.ec8ec3ad-f08d-46eb-9571-42806e304b37.DR-10.0.somatic.maf.gz

zcat $id|grep -v '^#' |cut -f 16 |sort -u |grep "^TCGA" >> READ.list

cat READ.list| grep "^TCGA" | while read line; do num=`zcat $id | grep -v '^#' | grep $line | wc -l`; echo "$line $num" >> TMB_READ.txt; done