真的，无论什么时候，你总会遇到一些奇奇怪怪的文件，要读取，一开始真的痛不欲生，自己总结了一小波，给自己储个粮~~~
如果有什么不对的小错误欢迎大家指出

关于文件类型~~

目前遇到的文件类型有 txt文件、 csv文件、xlsx文件、tsv文件、还有直接读取gz文件中txt文件、soft文件

文件类型	R 语言的函数	需要打开的R包
txt文件	read.table("xxx.txt")	无
csv文件	read.csv("xxx.csv")	无
xlsx文件	read_xlsx("xxx.xlsx")	library(readxl)
tsv文件	read.delim("xxx.tsv")	无
gz文件中txt文件	read.table("xxx.txt.gz")	无
soft文件	getGEO( 'GSE42872_family.soft')	library(GEOquery)

• 

1. 我有一个txt文件如下,将他读入R

AA=read.table("GSE42872_series_matrix.txt")

2. 我有一个xlsx文件如下,将他读入R

library(readxl)# 函数read_xlsx基于R包 readxl----install.packages("readxl")
AA=read_xlsx("GSE42872_series_matrix.txt")
如果觉得打开R包过于麻烦
AA=readxl：：![![a40e48dbf7da9012d2e3481f8ad982c.png](https://img.haomeiwen.com/i21180540/d6de77ffc9daa408.png?imageMogr2/auto-orient/strip%7CimageView2/2/w/1240)
](https://img.haomeiwen.com/i21180540/d711f79ee5738178.png?imageMogr2/auto-orient/strip%7CimageView2/2/w/1240)
read_xlsx("GSE42872_series_matrix.txt")

读写的参数~~

不是所以的文件都可以很规整，直接读入会导致数据丢失或者读入失败，有时候需要参数调整

1. header=TRUE|FALSE

TRUE表示含有属性的标题
FALSE表示不含属性的标题

• 如果第一行是列名导入的时候填TRUE；默认值是FALSE，即把第一行算作数据

2.sep=""

sep = ','	sep = '\t'	sep = '/'	sep=""

根据文件具体情况选择切割符号【逗号，\t，/，空格键】

3. comment.char="!"

文件中“！”符号后面的内容不读取（具体例子可见GSE文件的读取）
也可以将" ！"根据需求换成" # "

eSet =read.table('GSE42872_series_matrix.txt.gz',
             sep='\t',quote = "",fill = T,
             comment.char="!",header=T)

补充参数（会持续更新~~~）

参数	解释
row.names	保存着行名的向量，或文件中一个变量的序号或名字，缺省时行号取为1，2，3，...
col.names	指定列名的字符型向量(缺省值是：V1，V2，V3，...)
as.is	控制是否将字符型变量转化为因子型变量(如果值为FALSE) ， 或者仍将其保留为字符型(TRUE) .as.is可以是逻辑型， 数值型或者字符型向量，用来判断变量是否被保留为字符。
na.strings	代表缺失数据的值(转化为NA)
col Classes	指定各列的数据类型的一个字符型向量
nrows	可以读取的最大行数(忽略负值)
skip	在读取数据前跳过的行数
check.names	如果为TRUE， 则检查变量名是否在R中有效
fill	如果为TRUE且非所有的行中变量数目相同， 则用空白填补
strip.white	在sep已指定的情况下， 如果为TRUE， 则删除字符型变量前后多余的空格
blank.lines.skip	blank.lines.skip =T， 忽略空白行
comment.char	一个字符用来在数据文件中写注释，以这个字符开头的行将被忽略

记录自己曾经遇到的一个错误

解决：AA=read.table("data_Seq_v2_expression_median.txt",header=T,seq="",fill=T)