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2. R包的安装

2. R包的安装

作者: NiKasu | 来源:发表于2021-05-13 03:26 被阅读0次

    一、包和库的定义

    R包 (package):R函数、数据和预编译代码以一种定义完善的格式组成的集合。

                                                                                                           ——刘鹏《R语言》大数据人才培养系列教材

    库(library) :计算机上存储R包的目录称为库。

                                                                                                        ——刘鹏《R语言》大数据人才培养系列教材

    二、包的安装

    R里面很多函数包含在包中,使用函数之前需要先安装和加载R包,这里总结三种安装R包的办法:

    1. 通过快捷菜单+CRAN(镜像网站)安装或命令指定CRAN+install命令安装;

    2. 通过将包下载到本地+install命令安装;

    3. 通过Biocuductor库安装 (包含很多分析芯片数据的包,部分生物上的包需要在此下载);

                                                                                                         ——整理自网络和一些自学视频

    1.1 通过快捷键安装打开R→点击“程序包”→点击“安装程序包”→选择镜像网址即可(随便选个中国的)→确定→选择需要安装的包→确定;

    1.2 通过快捷键安装打开R→输入以下命令(关于命令的一些说明:R中区分大小写;#为注释符,#之后的内容在R中不会运行,所以#常常用来注释说明;R中输入命令的地方叫控制台,>为命令提示符,在>之后输入命令;英文状态下输入命令、符号等):

    options(CRAN="http://cran.r-project.org") #指定镜像网站

    install.packages("ggplots") #安装ggplot包

    2. 通过将拓展包下载到本地+install命令安装(该过程未展示)

    另外,如果安装R自带的常见包,可直接使用install.packages命令:打开R→输入命令install.packages(“包名”)→选择镜像网址即可;

    (该图仅为举例,这里请不要安装ggplot包)

    3. 通过Biocuductor库安装:打开R→输入以下命令;

    source(“https://bioconductor.org/bioLite.R”) #指定包来源于bioconductor库

    biocLite(“limma”) #安装limma包,limma包是用于芯片数据分析的常用包

    此外,R软件版本原因,以及还有一些包需要特殊下载,如GEOquery包(命令见下),不能使用上述的方法,建议百度!!!关于包的查看和加载、删除等命令不单独赘述,以后使用时见注释辨别。

    if(!requireNamespace("BiocManager",quietly=TRUE))

    install.packages("BiocManager")

    BiocManager::install("GEOquery")

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