一、包和库的定义
R包 (package):R函数、数据和预编译代码以一种定义完善的格式组成的集合。
——刘鹏《R语言》大数据人才培养系列教材
库(library) :计算机上存储R包的目录称为库。
——刘鹏《R语言》大数据人才培养系列教材
二、包的安装
R里面很多函数包含在包中,使用函数之前需要先安装和加载R包,这里总结三种安装R包的办法:
1. 通过快捷菜单+CRAN(镜像网站)安装或命令指定CRAN+install命令安装;
2. 通过将包下载到本地+install命令安装;
3. 通过Biocuductor库安装 (包含很多分析芯片数据的包,部分生物上的包需要在此下载);
——整理自网络和一些自学视频
1.1 通过快捷键安装:打开R→点击“程序包”→点击“安装程序包”→选择镜像网址即可(随便选个中国的)→确定→选择需要安装的包→确定;
1.2 通过快捷键安装:打开R→输入以下命令(关于命令的一些说明:R中区分大小写;#为注释符,#之后的内容在R中不会运行,所以#常常用来注释说明;R中输入命令的地方叫控制台,>为命令提示符,在>之后输入命令;英文状态下输入命令、符号等):
options(CRAN="http://cran.r-project.org") #指定镜像网站
install.packages("ggplots") #安装ggplot包
2. 通过将拓展包下载到本地+install命令安装(该过程未展示)
另外,如果安装R自带的常见包,可直接使用install.packages命令:打开R→输入命令install.packages(“包名”)→选择镜像网址即可;
3. 通过Biocuductor库安装:打开R→输入以下命令;
source(“https://bioconductor.org/bioLite.R”) #指定包来源于bioconductor库
biocLite(“limma”) #安装limma包,limma包是用于芯片数据分析的常用包
此外,R软件版本原因,以及还有一些包需要特殊下载,如GEOquery包(命令见下),不能使用上述的方法,建议百度!!!关于包的查看和加载、删除等命令不单独赘述,以后使用时见注释辨别。
if(!requireNamespace("BiocManager",quietly=TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("GEOquery")
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