罗伯托和卡斯帕神父为了探索被禁止的知识而在世界的另一端相遇，后来，神父的探索失败了，付出了生命的代价。这是一个让人啼笑皆非又令人肃然起敬的人物，作为教会人士，他想用仪器和探险去证明《圣经》没有说谎，作为科学家，他又想让神的启示与他那个时代的科学研究成果保持一致。永远到不了的小岛，就像一代代知识分子心中的真理，总是跟自己有那么一段看似近在咫尺实则远在天涯的距离。这段距离，是从求知到真知的距离，也是蒙昧的昨日与科学的今日之间的距离。求知者，如卡斯帕神父，就献身在这段路上。真理如昨日之岛，虽不能至，心向往之。
罗伯托出身于意大利一个小领主家庭，少年时随父亲参加了牵动全欧的卡萨莱围城战，这是罗伯托经历的第一件影响终生的大事。在这场战争中，他的父亲牺牲了，成了英雄，然而战争让他明白，战争是荒诞的，英雄死得并无价值，他沉浸在哀伤和疑惑之中。就在这时，他遇到了一个叫圣萨万的军官，此人见惯了死亡，深知天地不仁，世事无常，自然也就不信上帝。他告诉罗伯托，《圣经》充满谎言，没有什么上帝的救赎，只有永恒的虚无，所以，罗伯托没必要为死去的父亲祈祷，他应该做的，是活在当下，直面死亡。后来，圣萨万也在战争中毫无意义地死去了，但圣萨万的离经叛道，在罗伯托心里埋下了怀疑上帝的种子。
罗伯托写下小说的结尾：费兰特死去了，莉丽雅的命运却悬而未决：她在落水时抱着一块木板，被海水冲到了“达佛涅二号”对面的“昨日之岛”，身负重伤。这意味着，莉丽雅将在昨日之岛受苦受难，因为在梦中罗伯托获知，那昨日是永恒的，折磨也是永恒的。于是，罗伯托搁下了笔，他必须用拯救莉丽雅来完成小说的结尾了，毕竟小说里的莉丽雅，也就是他自己。
故事的最后，罗伯托放走了船上的禽鸟，点燃了易燃品，纵身跃入大海，奋力游向“昨日之岛”。这真是破釜沉舟啊。罗伯托的命运，悬而未决，但可以确定的是，那艘船并没被烧毁。
总结一下，《昨日之岛》是埃科关于大自然的小说，它记录了罗伯托一生的成长历程，记录了17世纪的人们光怪陆离的生活，天马行空的思考和为了获取知识而付出的巨大代价，它让我们看到了历史的虚无，也向我们展示了文学的力量。最终，所有的故事都变成了一个小说，一本书。在埃科笔下，世界是一本大书，人的一生，就是去阅读这本大书，也在这本书中写下自己的故事。
被禁止的知识是埃科小说惯用的母题。在《玫瑰的名字》里，它是亚里士多德的《诗学》，在《昨日之岛》里，它是经度的测定。这其中，都蕴含着统治中世纪的神学与科学和文艺的复兴之间的斗争，也就是昨日与今日的斗争。
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