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2018-06-24(生信第一题)

2018-06-24(生信第一题)

作者: 天秤座的机器狗 | 来源:发表于2018-06-24 13:01 被阅读41次

    编程能力真的有待提高

    第一题是Rosalind上的一道题

    给出一条DNA序列,求ATCG四个碱基分别出现的次数

    我写了一个脚本,很差,还运行不了

    参考生信技能书论坛上一个人的脚本:

    于是,将我原来的脚本加以改善:

    总结一下:

    1.原理一样,都是利用字典来计数,我的错误在于最开始的时候想到的是用while循环,利用字符串的长度作为限制条件,来进行遍历,实际,利用for语句进行遍历才是最合适的。

    for i in line.strip()

    2.我的脚本最开始的5行,其实用一句话就可以代替,aDict={i:0 for i in 'ATCG'},要学会这种表达

    3.当然,计数这件事能想到的肯定还有count()这种方法

    总之,好久没用python了,未来一段时间,每天都来写一个小的python脚本吧,让编程能力慢慢得到提高

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