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prefetch 使用

prefetch 使用

作者: YX_Andrew | 来源:发表于2019-08-18 11:03 被阅读0次
    prefetch --option-file SRR_Acc_List.txt
    

    sra数据会下载到家目录下的ncbi/public/sra中,perfetch 默认aspera下载(如果存在于环境变量,否则使用https下载)。
    此外,也可设置aspera,Ex:prefetch -t ascp -a "/opt/aspera/bin/ascp|/opt/aspera/bin/asperaweb_id_dsa.openssh" --option-file file.txt; file.txt 格式为每一行一个SRR#,可以使用下载界面的RunInfo table下载的文件。
    RNAseq的数据下载的格式为sra。
    接下来要在网页要看测序数据是单端还是双端数据。

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