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SRA-tools安装使用(Windows为例)

SRA-tools安装使用(Windows为例)

作者: 纪伟讲测序 | 来源:发表于2020-12-18 09:27 被阅读0次

安装SRA-tools下载SRA数据

    下载SRA、GEO中的测序数据,可以使用prefetch,prefetch安装并不复杂,用过的老师会发现,prefetch不能指定下载目录,默认在自己的主目录,所在的系统盘空间较小,测序数据很大,如何切换下载目录呢,本文演示windows的修改方法。

1 下载安装

打开网址:https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software,根据需求下载软件版本,并将其解压到想放的位置。

安装位置:

2 打开终端:

开始 => 运行 => 输入“cmd”打开终端;

打开终端后,转到安装目录\bin:下,输入:vdb-config -i

打开如下界面:

3 修改下载路径:

按上下键移动光标,红色光标移到[Change]处,按回车键,修改存储路径;

按TAB键选中[Goto]回车,输入指定路径,将光标移到[OK]回车,[Yes]回车,确认修改;

将光标移到[Save(6)] 保存;[Exit(7)] 退出。

4 数据下载:

\bin目录下输入:prefetch 后跟下载的数据,直接指定SRA数据的ID即可自动连接至数据库下载。注意此处默认数据最大值为20G,所以在prefetch后加上--max-size 100G,修改数据大小的上限;

例如:prefetch --max-size 100G SRR7881404

这样等着数据下载就可以了。

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