popgene

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1.32为最新版，感觉这个软件好老

根据官方文档使用提供的文件/* Test Data Set II: Diploid Data */ 进行测试。

结果文件内容是，
Single-Population Descriptive Statistics：
1.群体1的第1-x位点 遗传多样性信息（因为结果文件里是缩写，需要查找相应的含义），

2. 群体1 x位点的等位基因频率
3. Summary of Genic Variation Statistics for All Loci
4. Summary of Heterozygosity Statistics for All Loci

The Ewens-Watterson Test for Neutrality：
Multi-populations Descriptive Statistics：
Overall Allele Frequency :
Overall Summary Statistics:

遇到的问题：

1.好像只能计算种群之间的遗传距离，不同个体之间的遗传距离是不是需要从文件的格式下手

2. 可自选需要分析的内容，根据作软件提供的样本数据可计算相应一些内容，先了解大概流程。

powermarker

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案例
跟着案例操作，顺利得到个体聚类结果，看来还是得学一下ggtree

GneAlex

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相关文献引用一万七千多，666，下载GenAlEx 6.503 版本，This version offers access to all GenAlEx options via the Excel Ribbon, while at same time remaining backwards compatible with previous Windows versions of Excel.
excel 中 可通过加载项和 Gnealex 选项使用 宏

实例说明

参数计算较简单，结果文件中有部分参数的计算公式，群体基础上的平均等位基因数没有表现出计算方法。目前只熟悉了 等位基因频率相关、AMOVA、主成分分析 。也都是一键操作。

Structure
structure下载地址

有四个相关文献，基本算法及扩展。有关于画图的软件及output数据的可视化软件介绍，

简介

简单的操作流程
inputfile格式：整数标记基因型、不出现的基因型代表确实数据、格式为txt文件
第一列为个体变化（2行或一行），第二行为取样群体编号

文件内容

image.png

一般选择混合模型
LOCPRIOR模型：利用取样位置作为先验信息来辅助聚类——用于结构信号比较弱的数据集

popflag ：与已知参考群体比较，比较有用

Structure Harvester
将structure结果文件压缩，使用下面的网站进行一顿计算
Structure Harvester
使用自有数据出现数据，先使用网站自带结果数据可进行下一步分析。

最佳k值计算方法

-Blackwell Publishing, Ltd.Detecting the number of clusters of individuals using the software
STRUCTURE: a simulation study

Structure Harvester上的delta k 计算结果

一般选择混合模型
LOCPRIOR模型：利用取样位置作为先验信息来辅助聚类——用于结构信号比较弱的数据集

两个文件需要查看structure相关文件
indfile 内的内容是 某个体、所属取样群体、计算属于某个基因池的概率
popfile 内容是取样群体落入某基因池的概率，

clumpp

clumpp下载地址

不明白这个软件是做什么用的。

distruct

使用Structure Harvester 网站提供的结果勉强做出结果

CLUMPAK

官网

structure官网发现这个软件，好像是整合了clumpp与distruct的功能，
网页版CLUMPAK有两种格式input，除了structure还有admicture，这个运行速度快，好像只使用snp数据。
admixture下载

CLUMPAK 的网页版的使用速度慢，使用本地版本。本地版本是perl脚本，网上没有相关的教程，先看软件的手册。

3输入文件及参数

有3中 输入文件格式，2种stucture 格式1种admixture格式。手册里有Q-matrices这个概念，不清楚。
所有k一起压缩，或分k压缩再压缩为一个文件

3.1 Advanced options’ files

  关于label color 的参数文件

3.2 Additional parameters

(1) input format

命令行更改输入的格式

(2) MCL threshold

不太懂这个参数的意义

(3) CLUMPP options within single K values

选择不同算法、更改input orders (REPEATS)不懂、更改check-up的threshold（与工作时间有关）

(4) CLUMPP options between K values

大概是根据不同的k 选择不同的比对算法，up to k=8 使用 consider all possible permutations，较大的使用greedy procedure.

4.Usage options

main pipeline, ‘DISTRUCT for many K’s’, ‘Compare’, and ‘Best K'. 四个模块功能

4.1 main pipeline

recommend using POP_DATE = 1. 含有群体分类，=0是需橙色群体分类文件，如无认为是一个群体
The basic command-line for the main pipeline is as follows:

perl CLUMPAK.pl --id <INTEGER> --dir <CLUMPAK_OUTPUT_DIR> --file <results.zip>

是否要先确定最佳k值，

5 CLUMPAK outputs

软件操作

perl  CLUMPAK.pl
Can't locate List/MoreUtils.pm in @INC (you may need to install the Lis                                               t::MoreUtils module) (@INC contains: /root/miniconda2/lib/site_perl/5.2                                               6.2/x86_64-linux-thread-multi /root/miniconda2/lib/site_perl/5.26.2 /ro                                               ot/miniconda2/lib/5.26.2/x86_64-linux-thread-multi /root/miniconda2/lib                                               /5.26.2 .) at StructureOutputFilesAccessor.pm line 7.
BEGIN failed--compilation aborted at StructureOutputFilesAccessor.pm li                                               ne 7.
Compilation failed in require at CLUMPAK.pl line 8.
BEGIN failed--compilation aborted at CLUMPAK.pl line 8.

需要先安装需要的模块，使用cpanm安装所需模块，需要模块较多。
使用官网input文件顺利得到结果，`

cp: cannot copy a directory, ‘./’, into itself, ‘1’  先忽略这个错误
Creating summary zip 1.zip
Finished creating zip
Done!

是否需要判断最佳k，先看一下结果文件。此软件为每一个k都画图。关于最后软件的配色可以更改文本文件。以及label也可以更改。

structure 每个k有多个run，不同k的同一个run有什么关系？