R可视化——箱线图绘制及显著性标记

“ 在大家阅读文献的过程中，有时候会碰到下图所示的这种带有显著性标记的柱状图或者箱线图，这种图是怎么做出来的呢？今天，小编就使用R语言教大家如何绘制这样一张带有显著性标记的箱线图！”

01 准备数据

#自己编写的数据
df <- data.frame(
  A = c(2,5,6,5,4,8,6,3,8,9),
  B = c(15,10,5,18,12,13,16,14,10,9),
  C = c(1,3,6,5,2,3,6,2,4,1)
)
#预览数据
head(df)

02 加载包并对数据进行预处理

#安装包
install.packages("ggplot2")
install.packages("ggpubr")
install.packages("ggsignif")
install.packages("tidyverse")
install.packages("ggprism")
#加载包
library(ggplot2)
library(ggpubr)
library(ggsignif)
library(tidyverse)
library(ggprism)#

处理数据，将我们之前生成的数据合并为一列，用于后续作图，当然，大家也可以按照处理完成的数据格式准备您的数据：

#使用tidyverse包对数据进行处理
df <- df %>%
  gather(key = 'group',value = 'values') #gather()函数可以把多列数据合并成一列数据
head(df)#预览数据

image.png

03 绘图

我们先绘制箱线图：

ggplot(df,aes(x=group,y=values))+#指定数据
  stat_boxplot(geom = "errorbar", width=0.1,size=0.8)+#添加误差线,注意位置，放到最后则这条先不会被箱体覆盖
  geom_boxplot(aes(fill=group), #绘制箱线图函数
              outlier.colour="white",size=0.8

image.png

对图片进行简单美化，显示数据点：

p<-ggplot(df,aes(x=group,y=values))+#指定数据
  stat_boxplot(geom = "errorbar", width=0.1,size=0.8)+#添加误差线,注意位置，放到最后则这条先不会被箱体覆盖
  geom_boxplot(aes(fill=group), #绘制箱线图函数
              outlier.colour="white",size=0.8)+#异常点去除
  theme(panel.background =element_blank(), #背景
        axis.line=element_line(),#坐标轴的线设为显示
        legend.position="none",plot.title = element_text(size=14))+#图例位置
  geom_jitter(width = 0.2)+#添加抖动点
  ggtitle("boxplot")#标题
p

image.png

04 添加显著性标记

计算p值并将其添加至图中：

p <- p + geom_signif(comparisons = list(c("A","B"),c("A","C"),c("B","C")),#设置需要比较的组
              test = t.test, ##计算方法
              y_position = c(23,30,26),#图中横线位置设置
              tip_length = c(c(0.05,0.05),c(0.05,0.05),c(0.05,0.05)),#横线下方的竖线设置
              size=0.8,color="black")

image.png

将图中显示的p值使用我们常见的星号替换掉，可以用map_signif_level = T/F进行设置：

p <- p + geom_signif(comparisons = list(c("A","B"),
                                c("A","C"),
                                c("B","C")),# 设置需要比较的组
              map_signif_level = T,
              test = t.test, ##计算方法
              y_position = c(23,30,26),#图中横线位置设置
              tip_length = c(c(0.05,0.05),
                            c(0.05,0.05),
                            c(0.05,0.05)),#横线下方的竖线设置
              size=0.8,color="black")

image.png

05 对图片进行美化

使用ggprism包对图片进行美化：

p + theme_prism(palette = "candy_bright",
                base_fontface = "plain", # 字体样式，可选 bold, plain, italic
                  base_family = "serif", # 字体格式，可选 serif, sans, mono, Arial等
                  base_size = 16,  # 图形的字体大小
                  base_line_size = 0.8, # 坐标轴的粗细
                  axis_text_angle = 45)+ # 可选值有 0，45，90，270
  scale_fill_prism(palette = "candy_bright")

image.png

通过改变ggprism包其中的参数设置得到自己的个性化图片：

image.png

p + theme_prism(palette = "ocean",
                base_fontface = "plain", # 字体样式，可选 bold, plain, italic
                base_family = "serif", # 字体格式，可选 serif, sans, mono, Arial等
                base_size = 16,  # 图形的字体大小
                base_line_size = 0.8, # 坐标轴的粗细
                axis_text_angle = 45)+ # 可选值有 0，45，90，270
  scale_fill_prism(palette = "ocean")

image.png

p + theme_prism(palette = "flames",
                base_fontface = "plain", # 字体样式，可选 bold, plain, italic
                base_family = "serif", # 字体格式，可选 serif, sans, mono, Arial等
                base_size = 16,  # 图形的字体大小
                base_line_size = 0.8, # 坐标轴的粗细
                axis_text_angle = 45)+ # 可选值有 0，45，90，270
  scale_fill_prism(palette = "flames")

image.png

大家如果需要完整代码，请在微信公众号【科研后花园】后台回复boxplot_p即可获得下载链接！