R Markdown(展示想展示的)=代码+最终结论(图表+文本)
学习R Markdown时,将以下资料放在旁边
1.R Markdown 速查表
2.R Markdown 用户指南
1.R Markdown基础
开始使用R Markdown时,RStudio已经自动完成安装或加载rmarkdown包。
RStudio中有R Notebook和R Markdown两种
R Notebook & R Markdown
1.1.R Markdown
R MarkdownR Markdown文件包含3种重要的内容类型:
(1)两个---之间的(可选)YAML文件头
(2)两个```之间的R代码段
(3)Markdown文本语法,比如# 表示文本标题,可以参考献给写作者的 Markdown 新手指南
YAML文件头:
output:
决定输出的文件格式要运行代码段,必须将光标放在对应的代码段,然后点击Run图标(Ctrl+Shift+Enter)运行代码段。结果会显示在相应代码段下面。
若要生成包含所有文本、代码和输出的完整报告,点击Knit图标(Ctrl+Shift+K)。
若要在文本某位置中插入代码段,点击Insert按钮(Ctrl+Alt+I)。
1.2.R Notebook和R Markdown比较
R Notebook 和 R Markdown 比较R Notebook:输出格式为html_notebook,点击Preview图标得到完整报告。
☆Tips:千万别点击Preview图标下拉选项,其选项都会输出Markdown报告,YAML文件头会变成
错误输出
R Markdown:输出格式为html_document,点击Knit图标得到完整报告。
参考答案:R Notebook显示编辑器内的输出,同时隐藏控制台。 R markdown文件显示控制台内的输出,并且不显示编辑器内的输出。 它们的YAML标头中的输出值不同。
(好像刚开始的时候有体会到,没有截图。尴尬.jpg)
1.2.1.输出html的结果比较
结果比较R Notebook可以报告内显示/隐藏所有代码,或隐藏/显示某段代码,但代码结果不会在报告中显示(若在文件中运行过代码结果,则会在报告中显示)
R Markdown的报告:a.文本部分都会显示;b.代码部分,可以根据代码段选项选择是否显示;c.代码运行结果根据代码选项是否输出。
1.3.R Markdown输出格式
当选择输出word和pdf后,YAML文件头会增加
【重中之重】R Markdown输出pdf时,RStudio会有如下提醒:
需要LaTex
接下来是MikTex的安装和输出结果:
LaTex安装
展示三种输出结果:
三种输出结果
有些代码输出时,提示texi2pdf()输出,需要用到texi2dvi(linux的工具软件),请将“pdf”改为“tex”,然后手动输出成pdf格式
2.用Markdown格式写
结果2.1.代码段
插入代码:图标Insert=组合键盘Ctrl+Alt+I,符号:{r}和
。
````{r by-name}`:"by-name"是赋予该段代码名称,便于1.自身快速选择代码段所在位置;2.了解代码段意义;3.建立缓存代码段的网络——通过代码段选项实现
2.1.1.代码段选项
代码段选项完整版:knitr: elegant, flexible, and fast dynamic report generation with R
几个常用代码段选项:
选项名称 | 作用 |
---|---|
eval = FALSE | 禁止代码求值 |
include = FALSE | 不在最终文档显示代码和结果 |
echo = FALSE | 隐藏代码,显示结果 |
warning = FALSE/message = FALSE | 隐藏消息或警告信息 |
result = 'hide'/fig.show = 'hide' | 隐藏结果输出/隐藏图形输出 |
error = TRUE/FALSE | 包含出错信息/出错无法生成文档 |
2.1.2.多种表格结果比对
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