关于二代测序女性检出Y染色体突变的问题

问题：为什么女性检测出了Y染色体突变？

原因说明（欢迎补充）：

1，首先，性染色体上的很多reads比对质量一般较差，并且存在大片段同源区，可能会有许多错误比对到性染色上的reads。咱们目前使用的最新的基于b37的hs37d5参考基因组虽然会将Y染色体同源区标记为N，但是不能完全避免这种类似的问题，所以就算是女性，也可能存在一些低质量的reads比对到Y染色体（参考截图1）。从目前接触到的女性的染色体覆盖情况也可以看到，即使是女性，Y染色体的覆盖也并不是0，如果女性也是用了Y染色体上覆盖的信息进行变异检测，则可能检测到一些突变。

2，目前GATK官方仍然没有对于性染色体的建议，一般的best practice还是整个bam文件作为输入检测的，但是有提到如果有需求的话，对于女性一般的解决办法，是不去检测Y染色体突变，对应男性的一般解决办法，GATK 可以分开检测X,Y染色体，设置倍性为1（参考截图2，截图3，截图4）。

总结及解决办法：

综上，如果我们没有对男女进行区分检测，即女性没有避开Y染色体，则可能会出现女性有Y染色体突变的情况。目前的解决办法，samtools 或者 GATK分染色体，女性不检测Y染色体突变；

备注：以下截图及网址，均来自GATK官方论坛，以及broad或GATK相关开发人员的回复。

截图1：

https://gatkforums.broadinstitute.org/gatk/discussion/2895/vqsr-and-sex-chromosomes

截图2：

https://gatkforums.broadinstitute.org/gatk/discussion/comment/40962#Comment_40962

截图3：

https://gatkforums.broadinstitute.org/gatk/discussion/7937/sex-chromosome-in-vcf-calling

截图4：

https://gatkforums.broadinstitute.org/gatk/discussion/comment/51948#Comment_51948