linux环境下的软件安装

xmind3.png

下载miniconda

1. 搜索miniconda 清华
2. 查看服务器是多少位的: uname -a
3. 安装最新版本latest
4. 复制下载链接
5. 登陆服务器，进入biosoft
6. 使用自动补全功能
   cd b Tab →cd ~/biosoft

7. wget 复制的下载链接粘贴（右键）

   
   下载conda.png

安装miniconda

1. 输入命令：bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

2. 版权信息按回车或是enter/yes跳过

3. 安装成功显示

4. 激活：输入source ~/.bashrc

5. 输入命令conda

   
   安装成功+激活.png

6. 安装成功：出现满屏的信息

7. 添加镜像
   conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
   conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
   conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
   conda config --set show_channel_urls yes
   

   镜像.png

使用conda

1. 查看所有软件列表 conda list

   
   查看列表.png

2. 搜索软件 conda search fastqc

   
   搜索软件.png

3. 安装软件 conda install fastqc -y

   
   安装软件.png

4. 卸载软件 conda remove fastqc -y

   
   卸载软件.png

conda环境

1. 查看当前环境 conda info --envs (前面带*的就是默认的)

2. 建立环境 conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y （解释：建立名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic）

   
   查看+建立环境.png

3. 创建后再次查看环境

4. 激活新环境 conda activate rna-seq （默认的*会转移到rna-seq前面）

   
   查看并激活环境.png

5. 输入fastqc试看，出现信息表示可以使用

6. 退出当前环境 conda deactivate