Top 植物种的snoRNA基因数据库。
http://bioinf.scri.sari.ac.uk/cgi-bin/plant_snorna/home
PlantCARE是一个关于植物顺式调控元件、增强子和抑制子的数据库，很多数据来源于文献搜索，对这些元件进行了坐标定位和序列描述，还有相关的一些生物学信息。
http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/
多种不同植物的抗胁迫基因数据库。
http://dayhoff.generationcp.org
GABI初级数据库始建于2000年，作为德国植物基因组计划的中心数据库，该数据库包含的信息特别多，从序列的各个部分，到实验获得的一些蛋白2-D胶图，以及基因表达谱数据、代谢途径等都具有，因此是一个生物信息翔实的数据库。
http://gabi.rzpd.de
一个植物的预测的分子标记的数据库。
http://markers.btk.fi
植物启动子序列数据库。
http://mendel.cs.rhul.ac.uk/mendel.php?topic=plantprom
农作物当中的生化途径及酶。
http://metacrop.ipk-gatersleben.de
POGs/PlantRBP 是一个关系型数据库，整合了拟南芥、水稻、玉米的可以得到的基因组、蛋白组及序列数据，生成一个假定的同源基因组(POGs)，基因注释的重点在于对那些 预测的RNA结合蛋白(RBPs)。除了上述之外，同时也对这些蛋白的一些保守结构域提供查找功能。
http://plantrbp.uoregon.edu
TIGR的植物转录本(TA)集合数据库收集了来自于NCBI的GenBank Nucleotide数据库的试验验证的EST、全长cDNA数据，包括目前所有已有相关信息的植物的信息，可以通过序列的BLAST、物种等方式查找数据，并且可以自由下载这些数据。
http://plantta.tigr.org
植物器官研究的植物器官图片和协议数据库。
http://podb.nibb.ac.jp/Organellome
植物启动子数据库。
http://ppdb.gene.nagoya-u.ac.jp
TropGENE DB是一个管理热带作物的遗传和基因组信息的数据库，该数据库将作物按数个模式作物归类，目前在线公布的模式作物有香蕉、可可、椰子、棉花、油椰子、水稻 和甘蔗。其他模式作物正有待开发。每个模式作物都包括遗传来源信息（如形态学、起源、等位基因数据），分子标记信息，遗传图谱，长序列多态性（QTL）分 析结果，测序图谱，序列、基因及相应的参考文献。允许进行快速查询及复杂查询。
小麦、大麦、黑麦、三系杂交麦和燕麦的分子和表型信息数据库。
http://wheat.pw.usda.gov
BarleyBase 是一个在线的植物微阵列数据及分析平台的数据库，目前收集了超过1000份的来自于Affymetrix Barley1 GeneChip的原始或者规范化后的芯片数据，同时提供基因的功能注释，蛋白功能区域预测、代谢途径及基因家族信息。还与PLEXdb 和PlantGDB的信息有相关联接。
http://www.barleybase.org/
苹果，樱桃，梨，桃，悬钩子，玫瑰和草莓的基因组数据库。
http://www.bioinfo.wsu.edu/gdr/
植物细胞的信号转导分析数据库。
http://www.drastic.org.uk
植物基因组中心提供了大规模测序计划、遗传图谱和大规模ESTs测序的数据，所有物种的分类都超链接到NCBI的分类数据库。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/PLANTS/PlantList.html
PathoPlant 是一个涉及植物与病原体之间相互作用的信号转导的相关物质成分的数据库，包括一系列已知的信号转导通路的基因序列，最近还增加了相关的拟南芥的基因芯片数据，以及用于查找相应刺激所涉及的基因的工具。
http://www.pathoplant.de
Phytome 是一个比较基因组学数据库，设计用于植物功能基因组学、分子育种和进化研究。其包括预测的蛋白序列数据、蛋白家族分类数据，多序列比对数据、进化史，及源 于一个大的、系统发生的多样性植物索引的蛋白注释。Phytome通过来自不同物种的蛋白序列的直系同源或者旁系同源的进化史，将全异的各类植物基因数据 库整合成一个可以交互查找的数据平台。该库允许复杂的查询，进行基因/蛋白家族的查询及下载。
PlantGDB是一个植物基因组序列数据库，主要是ESTs数据。还有对于这些数据的基因注释，EST的基因组定位以及与其它数据库的链接。满足通常的数据查找功能。
AtGDB是一个正在开发中的植物基因组数据库和分析工具集，该资源库的目的是方便以序列为中心的拟南芥数据的浏览，可以分区段地浏览感兴趣的基因，看其结构及基因注释，并可与cDNA和EST进行比对。也可以将数据全部下载本地化。
Plant Ontology(PO)数据库由数个植物数据库系统和植物分类学、植物学和遗传学专家协作开发的，目的是建立一个基础的功能强大的植物学数据库，包括整 合形态学、解剖学上的一些信息。目前该库有超过5000个来自于拟南芥、玉米、水稻的基因注释可供搜索。在同一个浏览界面下，用户可以搜索植物的器官结 构、不同发育时期的信息。所有信息可以自由下载。
http://www.plantontology.org
TOP 叶绿体基因组数据库。
http://chloroplast.cbio.psu.edu/
Top 该数据库主要收集了杨树的泛素化蛋白，加上预测的共计1027个基因。
http://bioinformatics.cau.edu.cn/DPUPS/
EasyGO数据库用于提供一系列待查基因的功能注释，以及微阵列探针信息，目前包括来自15个物种（主要是植物）的40多个数据类型的数据。被广泛使用。
http://bioinformatics.cau.edu.cn/easygo/
DPTF:北京大学杨树转录因子数据库。
http://dptf.cbi.pku.edu.cn/
中国国内多家单位完成的关于水稻的cDNA微阵列试验结果数据库。
http://plantbiol.genetics.ac.cn/
PLANTTFDB:植物转录因子数据库。
http://planttfdb.cbi.pku.edu.cn/
植物转录因子数据库。
http://plntfdb.bio.uni-potsdam.de/v2.0/
大豆蛋白质组数据库。
http://proteome.dc.affrc.go.jp/cgi-bin/2d/2d.cgi
水稻玉米小RNA数据库，该数据库包含了miRNA,siRNA，ta-siRNA的信息。
http://sundarlab.ucdavis.edu/smrnas/
预测的植物蛋白簇数据库。
http://urgi.versailles.inra.fr/phytoprot/
PLACE:植物顺式调控DNA元件数据库，该数据库含有380个在植物中发现的完整的cis活性调控因子。
http://www.dna.affrc.go.jp/PLACE/
(NCPGR)地域植物基因研究中心。
http://www.ncpgr.cn/
植物线粒体蛋白运输机制。
http://www.plantenergy.uwa.edu.au/applications/mpimp/index.html
PLEXdb是一个统一的公共的植物和其病原体的基因表达数据库，用于将迅速扩展的基因表达谱数据和传统的基因组结构数据和表型数据联结整合起来。并开发出相应的整合软件方便研究人员针对大规模表达谱数据的功能基因组学研究。
http://www.plexdb.org
PlantQTL-GE是一个专为数量性状研究建立的一个数据库，它主要收集了水稻、拟南芥等植物的芯片数据及表达谱数据和基因组标志序列。同时也提供基于已知信息基因注释及顺式调控元件注释。
http://www.scbit.org/qtl2gene/new/
TOP 目前该数据库收集了大麦、短柄草属、柑橘、咖啡、豇豆、大豆、水稻、小麦等作物的表达谱数据，及相关的一些分子信息（Barley, Brachypodium, Citrus, Coffea, Cowpea, Soybean, Rice, Wheat）。
Gramene Database是一个各种作物基因组信息的数据库，同时具备高级的各基因组间的分析功能。
http://www.gramene.org/
UK CROPNET:英国农作物生物信息学网络数据库。拥有很多其自己开发的数据库和分析软件，同时也收集相关的一些文献和美国该领域的一些信息。1996
http://ukcrop.net/
TOP GrainGenes是美国农业部和地域农业图书馆的植物基因组计划支持的麦燕麦和甘蔗遗传数据库
http://ars-genome.cornell.edu/rice/
韩国水稻基因组数据库。
http://bioserver.myongji.ac.kr/ricemac.html
KOME:水稻的生物分子数据库
http://cdna01.dna.affrc.go.jp/cDNA/
水稻数据库的统一化工具数据库。
http://cdna01.dna.affrc.go.jp/PIPE
水稻转录因子数据库，该数据库包括了来自水稻品种indica和japonica中所有已知的和可能存在的转录因子信息。
http://drtf.cbi.pku.edu.cn/
Rice水稻基因组注释数据库
http://gbrowse.ncpgr.cn/cgi-bin/gbrowse/japonica/
水稻蛋白组学数据库。
http://gene64.dna.affrc.go.jp/RPD/
RAD: 水稻基因组注释数据库。
http://golgi.gs.dna.affrc.go.jp/SY-1102/rad/
INE: 水稻基因组整合数据浏览器。
http://ine.dna.affrc.go.jp/giot/
MOsDB: The MIPS Oryza sativa database，水稻基因组数据库，包括序列数据，未来将把突变体信息、表达谱信息整合起来。
http://mips.gsf.de/proj/plant/jsf/rice/index.jsp
水稻 http://mpss.udel.edu/rice/ 美国
Rice MPSS database水稻大规模平行测序数据库。
OryGenesDB:一个用于水稻反向遗传学研究的交互式工具；有水稻基因T-DNA以及Ds侧冀序列标签数据库，基因注释。
http://orygenesdb.cirad.fr/
RAP-DB: 水稻注释计划数据库。
http://rapdb.dna.affrc.go.jp/
RED: 水稻表达谱数据库。
http://red.dna.affrc.go.jp/RED/
REDB: 水稻EST数据库。
http://redb.ncpgr.cn/
水稻的基因组数据库（INE）整合了目前大规模测序后获得的关于水稻的基因组信息、cDNA 信息，遗传图谱、物理图谱的信息，并随着水稻测序的进行，持续增加新的信息。
http://rgp.dna.affrc.go.jp/giot/INE.html
RISE: 水稻信息系统，包括水稻基因组的最新综合信息以及与其他谷类作物的比较基因组分析数据。
http://rice.big.ac.cn/rice/index2.jsp
整合了最新的数据以及比较基因组学分析数据。为了综合分析水稻的两大亚种，japonica 和indica，BGI-RIS除了包括自己测序的indica序列数据外，同时也收集了japonica及其他已知的谷类作物的基因组和EST数据。 BGI-RIS对两亚种间的相关基因、重复元件、基因重复、SNP都进行了注释。
http://rice.genomics.org.cn/
水稻基因组注释计划。
http://rice.plantbiology.msu.edu/
RiceFOX:水稻过表达拟南芥全长cDNA突变体数据库。
http://ricefox.psc.riken.jp/index.php?contetnstop
Rice GAAS:水稻基因组信息自动注释系统。
http://ricegaas.dna.affrc.go.jp/
水稻蛋白激酶数据库。
http://rkd.ucdavis.edu/
RMD: 水稻突变体数据库
http://rmd.ncpgr.cn/
RMG:水稻线粒体基因组信息数据库。
http://rmg.rice.dna.affrc.go.jp/
RiceGE: Rice Functional Genomic Express Database 水稻功能基因组表达数据库。
http://signal.salk.edu/cgi-bin/RiceGE
RPSD: 水稻蛋白结构数据库。
http://structure.rice.dna.affrc.go.jp/
BGF是一个水稻基因组的基因预测工具 。
http://tlife.fudan.edu.cn/bgf/
Rice Tos17 Insertion Mutant Database 水稻逆转座子Tos17插入突变数据库。
http://tos.nias.affrc.go.jp/
水稻T-DNA插入突变数据库，该数据库包括了侧冀突变标签的分析的那个信息来做反向遗传学的研究。
http://urgi.versailles.inra.fr/OryzaTagLine/
水稻胚质基因型数据库，以及水稻功能基因组和蛋白组。
http://www.iris.irri.org/
我国水稻基因组计划针对水稻的籼稻亚种。
http://www.ncgr.ac.cn/
WILD RICE DATABASE野生稻数据库。
http://www.pgcdna.co.jp/cgi-bin/wrdb/content.cgi
Plant中国地域基因组会议，包含有很多农学的生物信息学课题。
http://www.plantgenomics.cn/
RetrOryza 是一个提供水稻的LTR-Retrotransposons的数据库，提供了目前已经进行过功能注释的242个家族的反转位子的信息，包括Primer Binding Site，PolyPurine Tract，Target Site Duplication等信息。
关于世界范围的水稻生产和市场等情况。
http://www.riceweb.org/
水稻科学整合数据库
http://www.shigen.nig.ac.jp/rice/oryzabase/top/top.jsp
水稻遗传学和基因组学数据库，该数据库涵盖了从水稻的传统的遗传学信息到最新遗传研究方面的进展，还包括一些热门研究方面的课题。
http://www.shigen.nig.ac.jp/rice/oryzabase/top/top.jsp
INE水稻基因数据库。
http://www.staff.or.jp/giot/INE.html
美国TIGR研究所维护着几个与水稻基因组有关的数据库，包括基因组注释库重复序列库，以及基因索引。
http://www.tigr.org/tdb/rice/
cottonDB美国南方平原农业研究中心所维护的棉花数据库
http://algodon.tamu.edu/
CottonDB是一个包含有棉花基因组学、遗传学和分类学数据的数据库，同时它也是一个不断增加新数据和棉花研究者资料的数据库。
http://cottondb.org/
棉花标记数据库，由多家科研团体协作完成，包含有大量的已公布的序列标记数据。
http://www.cottonmarker.org/
Top 欧洲大麦数据库（EBDB）收集的信息主要来源于ECP/GR Working Group对于大麦的研究数据，由德国Gatersleben的IPK植物基因组和作物研究所维护。
http://barley.ipk-gatersleben.de/ebdb.php3
该在线数据库包括在SCRI开展的通过交叉测序的方法挖掘到小麦和大麦的基因的SNPs的信息，目前由SCRI植物生物信息学组维护。
http://bioinf.scri.ac.uk/barley_snpdb/index.html
该数据库中包含由日本冈山大学生物资源研究中心收集的大麦种质资源和基因组分析数据。
http://www.shigen.nig.ac.jp/barley/
Top 大麦，小麦，豆类番茄EST数据库
http://pgrc.ipk-gatersleben.de/cr-est/
UK CropNet该数据库主要提供了各类有关农作物的基因数据，包括Arabidopsis thaliana、Barley、Brassica spp.、Forage Grasses、Millet and tef、Alfalfa、Chlamydomonas、Dictyostelium等18个物种基因数据库。
http://synteny.nott.ac.uk/
谷类作物信息数据库，该数据库包括了小麦，大麦，燕麦黑麦和黑小麦等品种的遗传信息和遗传图谱。
http://wheat.pw.usda.gov/GG2/index.shtml
由捷克共和国的作物种植研究所维护的小麦数据库。
http://www.ecpgr.cgiar.org/databases/crops/wheat.htm
日本小麦网，由６所大学和研究所联合维护
http://www.shigen.nig.ac.jp/wheat/top.html
由TIGR institute维护的小麦基因组数据，提供小麦的基因组及基因注释，并且可用于基因组注释等分析。同时，还提供其他谷类作物的同源基因数据，如玉米、大麦、高粱、水稻等。
http://www.tigr.org/tdb/e2k1/tae1/
TOP 水稻拟南芥比较基因组数据库，该数据库提供了一个水稻与拟南芥对比分析的平台。
http://greenphyl.cirad.fr/cgi-bin/greenphyl.cgi
诺丁汉拟南芥保存中心芯片数据库。
http://affymetrix.arabidopsis.info
拟南芥小RNA工程。
http://asrp.cgrb.oregonstate.edu/
拟南芥蛋白相互作用数据库。
http://atpid.biosino.org/
拟 南芥转录因子数据库（DATF）收集了所有的拟南芥转录因子数据（总共1922个位点，2290个基因），划分为64个家族。该数据库序列是基于TAIR 数据库(20051108)，可以采用多种方式查询数据。除此之外，另外添加了每个家族的DNA结合区域的多序列比对数据、进化树，另有GO注释，并与水 稻转录因子作了同源比对。最后还增加了PDB数据的一些数据，以做核酸结合位点的定位。
http://datf.cbi.pku.edu.cn
MIPS的拟南芥数据库。
http://mips.gsf.de/proj/thal/db
拟南芥大规模平行测序信号的基因表达数据库。
http://mpss.udel.edu/at/
拟南芥cDNA、突变体和微阵列数据库。
http://rarge.gsc.riken.jp/
拟南芥转录因子数据库，拟南芥转录因子数据库整合了所有转录因子实验所获得的数据信息。
http://urgv.evry.inra.fr/CATdb
拟南芥功能基因组数据库。
http://urgv.evry.inra.fr/projects/FLAGdb /HTML/index.shtml
拟南芥基因组数据库。
http://www.arabidopsis.org/
拟南芥的全基因组范围的假定的转录因子结合位点数据库。
http://www.athamap.de/
拟南芥基因序列标签数据库，该数据库涵盖了拟南芥中大部分的基因信息。
http://www.catma.org/
T- DNA插入突变体在拟南芥的研究当中，具有十分重要的作用，GABI-Kat SimpleSearch是一个由GABI-Kat工程所建的拟南芥的基于侧翼序列标签（FST）的T-DNA插入突变体查找库，目前该库有从64000 lines中超过108,000定位的FSTs，这些lines覆盖了64%的目前已有注释的基因。该库允许常规的一些基因搜索，并与突变体系连接在一 块。同时，该库还提供引物等信息。
http://www.GABI-Kat.de
拟南芥蛋白磷酸化位点数据库。
http://www.plantenergy.uwa.edu.au/applications/phosphat/index.html
拟南芥质体蛋白数据库。
http://www.plprot.ethz.ch/
拟南芥发育关键基因数据库。
http://www.seedgenes.org/
SUBA（Arabidopsis Subcellular Database）是由University of Western Australia的ARC Centre of Excellence in Plant Energy Biology维护的，包含了源自各个领域的关于拟南芥蛋白的亚细胞定位的数据，如荧光定位数据、亚细胞组分的蛋白质组学研究、文献及源于（Gene Ontology annotations, Swiss-Prot and gene descriptors）的同族蛋白的信息，还有采用软件（10个）预测得到的数据，包括了非重复的将近7000个拟南芥蛋白及将近30000个采用生物 信息预测的方法获得的蛋白亚定位信息。
http://www.suba.bcs.uwa.edu.au/
Top 大豆基因组和微阵列数据库。
http://psi081.ba.ars.usda.gov/SGMD/default.htm
豆类基因图谱数据库。
http://scaffold.biologie.uni-kl.de/Beanrdf/
Integrating为大豆研究者建立的基因组学和分子生物学数据库。
http://soybase.org/
大豆基因组浏览器数据库整合了大豆基因组的信息，方便用户查找到所需信息。
http://soybeangenome.siu.edu/
由日本农业科学国际研究中心主导维护的中国东北部大豆基因组数据库。
http://ss.jircas.affrc.go.jp/DB/guide-eng.html
豆类作物基因组ESTx信息数据库，基因蛋白表达信息，该数据库给出了多个品种的信息。
http://www.comparative-legumes.org/
ILDIS国际豆科植物数据库和信息服务
http://www.ildis.org/LegumeWeb/
该数据库为了TILLING (Forrest and Williams82)的大豆诱变突变体第二代库工程而开发的，大约有3000个M2 lines按照其表型分类存储。
http://www.soybeantilling.org/
Top TIGR的玉米数据库。
http://maize.tigr.org/
mgsp:德国玉米基因组数据库，基于基因组测序。
http://mips.gsf.de/proj/plant/jsf/maize/index.jsp
mtmDB:玉米定点诱导突变体数据库。
http://mtm.cshl.org/
该数据库储存有玉米基因组的进展信息。
http://www.agron.missouri.edu/
MaizeGDB:玉米基因组信息数据库，该数据库包括所有遗传学，基因产物，功能分析，以及相关文献查阅等的信息。
http://www.maizegdb.org/
玉米基因组工程数据库，该数据库是用于玉米基因组中分子和功能多样性分析。
http://www.panzea.org
MAIZEWALL：法国的玉米细胞壁生物合成和装配的生物信息分析和基因表达数据库。
http://www.polebio.scsv.ups-tlse.fr/MAIZEWALL/
玉米基因组数据库
http://zmdb.iasstate.edu/
TOP MtGEA: 蒺藜苜蓿基因表达谱数据库。收集了Affymetrix公司的苜蓿基因芯片的关于苜蓿多个器官的基因表达谱数据。
http://bioinfo.noble.org/gene-atlas/
Brassica Genome Gateway 2008芸苔基因组数据库。
苜蓿数据库，包括基因组注释信息及部分表达谱数据。
http://medicago.cau.edu.cn/
MENS: Medicago EST Navigation System 苜蓿表达谱数据导航系统。包括EST测序数据，微阵列数据等。
http://medicago.toulouse.inra.fr/Mt/EST/
蒺藜苜蓿序列数据库，由苜蓿基因组计划完成测序。
http://www.medicago.org/genome/
蒺藜苜蓿基因组数据库。
http://www.medicago.org/MtDB
MGI,NCGR和Samuel Roberts Noble基金会联合开展的豆科苜蓿属植物Medicago truncatula的基因组研究，在2000年４月已经提交15000多条EST
http://www.ncgr.org/research/mgi/
苜蓿的生化途径数据库。
http://www.noble.org/mediccyc/
Top BASC系统提供遗传的、基因组的、表型的数据的整合挖掘和浏览的工具。该公布资源拥有支持芸苔的多国芸苔基因组测序计划的信息，直接基于5个模 块，ESTDB, Microarray, MarkerQTL, CMap 和 EnsEMBL。ESTDB包括通过与GenBank, UniRef, and the genome sequence of Arabidopsis进行序列比对后的ESTs数据及基因注释；Microarray模块拥有ESTDB中注释的ESTs的表达谱数 据；MarkerQTL是最复杂的整合了遗传标记、图谱、个体、基因型和特性的数据系统；另两个模块包括了拟南芥的EnsEMBL基因组可视化系统，以及 整合了遗传和基因组信息的可视化的遗传图谱比对的CMap。
http://hornbill.cspp.latrobe.edu.au/cgi-binpub/brassica/index.pl
TOP 西红柿基因组测序计划数据库。
http://mips.gsf.de/proj/plant/jsf/tomato/index.jsp
西红柿功能基因组数据库整合和扩展了数个早期的诸如西红柿表达谱数据库和西红柿代谢数据库，及西红柿小RNA数据库的信息。
http://ted.bti.cornell.edu/
马铃薯晚疫病和大豆疫病EST数据库，该数据库的建立是为了更好的了解病毒的发病机制以及抗性原理。
http://www.pfgd.org/pfgd/
PoMaMo是由德国植物基因组计划建立的关于马铃薯的信息库，包括目前已知的马铃薯的各个方面的生物信息数据，并通过BLAST对其基因进行了注释。
https://gabi.rzpd.de/PoMaMo.html
橡胶树EST数据库，该数据库介绍了相关的cDNA文库，分析渠道KOG分类，GO注释等。
http://genome.ukm.my/nrestdb/
TOP ForestTreeDB搜集了大规模测定数个树木品种的EST序列的数据，并开发和采用已有的软件对各序列进行基因注释，希望为该领域的研究人员提供帮助。同时还对相关数据库作了链接，并为设计微阵列进行基因表达谱研究创造条件。
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