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Seurat使用(第一坑)

Seurat使用(第一坑)

作者: 谢京合_数据分析人 | 来源:发表于2020-10-21 16:19 被阅读0次

今天是我开始摸索Seurat的第一天,按照网上大神们利用EXAMPLE数据对Seurat的讲解,我开始了我的第一步,下载数据并试用。嗯~~~~~一切都很顺利。
那么,接下来就开始处理我自个儿的数据,有点小兴奋呢~~

1、将cellranger count的结果拷贝出来(目录为:outs/filtered_feature_bc_matrix),里面包含有三个文件:barcodes.tsv/genes.tsv/matrix.mtx。那么就按照大神的致使开始导入数据啦~~

pbmc.data <- Read10X(data.dir = "F:/2中间数据/Seurat/")

麻了个蛋!!!报错了!!关键错误还看不懂!!!
报错如下:

Error in readMM(file = matrix.loc) : file is not a MatrixMarket file
此外: Warning message:
In scan(file, nmax = 1, what = what, quiet = TRUE, ...) :
  embedded nul(s) found in input

接着,就是网上扒资料,找解决办法。奈何,茫茫的互联网居然找不见一个帖子是跟这个问题有关系。
终于找到一个帖子里面和我出现了类似的问题,但是抓狂的是人家是在read.csv的时候报错的,而且到第二个回帖,人家的问题就完美解决啦(如下图)。


image.png

绝望的我也抱着天上掉下一个亿的心态去尝试了一下他的办法,很显然踏马的根本就不对。
怎么办呀!!???正当我踌躇的时候,瞥见了下一个回帖(如下图):


image.png

对呀!!!不妨试试。
依然报错!!!!
原地抓狂,接着找寻解决办法。

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