对于宏基因组测序,我们不可避免的会在DNA提取中引入宿主基因组序列,为了避免这些序列的干扰,在进行分析和组装之前,我们最好先去除宿主基因组,然后方便做后续的分析.
去除宿主基因组序列的方法,主要通过将reads 比对到宿主参考基因组上,我能将能够比对上的reads 进行去除.主要用到的软件是bowtie2
运行命令如下:
bowtie2-build reference.fasta index_name
bowtie2 -x index_name -1 mate1.fq -2 mate2.fq -S mappped -un-conc unmapped_file.fq
通过比对我们将产生两个unmapped_file_1.fq,unmapped_file_2.fq文件.这两个文件中的reads将用于后续的分析.
对于宏基因组测序,我们不可避免的会在DNA提取中引入宿主基因组序列,为了避免这些序列的干扰,在进行分析和组装之前,...
$se=$_GET["ip"]; $tempu=parse_url($se); if($tempu['host']...
To remove a submodule you need to: Delete the relevant se...
使用GET方法 API如下： http://host/wedb/ /remove/ ?filterlist 看以下...
删除Mysqlyum remove mysql mysql-server mysql-libs mysql-se...
1. Remove Log messages 'xxxx.pch' file: 2. Localizable Se...
首先创建putty.exe的快捷方式到桌面；然后运行putty，输入host name、port、saved se...
1.进入cmd2.敲入下面指令，开启名为host 密码为12345678的wifi热点：netsh wlan se...
测试可用。最后的安装效果 我是使用-host模式的，可以使用其他模式。 本机安装 安装2个镜像 安装name-se...
adb无法使用，提示error: unknown host service的解决办法 打开命令行，输入命令：net...
本文标题：[Metagenome-2]Remove the host se
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