2021-09-29-motif-homer分析

软件安装

conda install -c bioconda homer

下载configureHomer链接

安装参考基因组

perl configureHomer.pl -install hg19
export PATH=$HOME/software/homer/bin/:$PATH # 最好写到.bashrc里

如何把命令写到全局里面

参考
把某个路径下的命令写到全局变量中。

PATH=$PATH:/some/directory

其它data

perl $HOME/software/homer/configureHomer.pl -list # 列出可供下载的数据包，按需下载
perl $HOME/software/homer/configureHomer.pl -install mouse
perl $HOME/software/homer/configureHomer.pl -install mm8
perl $HOME/software/homer/configureHomer.pl -install hg19 # 我只需要人类的数据
perl $HOME/software/homer/configureHomer.pl -install human-p # 人类启动子数据

构建bed文件

运行homer

findMotifsGenome.pl difRNA.bed hg19 out 

参考资料：
简书1
简书2