- protein-protein interaction
系统发育谱法：假定功能相关的基因，在一组完全测序的基因组中预测同时存在或不存在，这种模式被称作系统发育谱。如果两个基因，它们的序列没有没有同源性，但它们的系统发育谱一致或相似，可以推断他们在功能上相关。
基因邻域法：在细菌基因组中，功能相关的基因紧密连锁地存在于一个特定区域，构成一个操纵子，这种基因邻接关系，在物种演化过程中具有保守性，可以作为基因产物之间功能关系地指示。
基因融合法：由于在物种演化过程中发生基因融合事件，一个物种地两个或多个相互作用蛋白，在另一个物种中融合成为一条多肽链，因而基因融合事件可以作为蛋白质功能相关和相互作用的指示
协同进化法：功能相关的蛋白质，其进化过程保持一致，即呈现共进化特征。通过构建和比较它们的系统发育树，若发现树的拓扑结构显示相似性，则可推断功能相关。
蛋白质相互作用数据库，分类法
- protein function prediction
基于序列的功能预测：许多功能可直接从蛋白质序列预测出来。例如，疏水性信息可被用于跨膜螺旋的预测。
基于结构的功能预测：从3D结构中衍生了多种预测方法结构基序是存在于几个相关蛋白质结构中一个蛋白的三维亚结构，它与功能息息相关
基于Motif的功能预测：同一motif中的蛋白质成员更加可能拥有最短的路径距离谱
系统发育谱分析，系统级功能推断
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