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docker版ubtuntu的使用

docker版ubtuntu的使用

作者: WJ的生信小院 | 来源:发表于2022-10-23 08:53 被阅读0次

    一 起因

    有些开源软件需要编译程序,改变系统环境,从而实现其对应功能。然后,当系统环境改变之后,笔者运行的其他程序可能会受到影响,进而需要重新调整(无用的折腾)。因此,笔者建议这种程序还是在docker中运行更为方便,特别是当你对软件进行测试的时候。

    二 调用

    第一步,安装docker。这一部分读者可以参考之前的推文《docker初探》

    第二步,安装ubuntu镜像

    docker pull ubtuntu

    第三步,更新docker ubtuntu的镜像源。原有的镜像源不包含对应的系统级层面的软件安装,需要重新更新,之后便可安装诸如g++, git, vim之类的编译依赖包

    apt-get update

    第四步,安装git选项

    apt-get install git

    第五步,调用git选项下载包。可以看出这里需要编译。

    git clone https://github.com/xgfs/verse.git

    apt-getinstall make

    第六步,编译依赖的安装。如果未进行ubtuntu源的更新,那么g++和vim之类的依赖程序都无法安装安装上

    apt-get install g++

    apt-get install vim

    第七步,将本地的目录挂载上。值得注意的是,docke镜像还需要将需要的特定目录挂载上,这样你才能一方面享受docker的隔离环境,另一方面又能在本地环境中实现数据的docker解析

    run --rm --gpus all -i -v /mnt/sda5/wangjun/docker_catalog:/home/docker_catalog -t ba6acccedd29 /bin/bash

    最后一步,完成上述这些之后,你就可以愉快的使用docker完成程序运行啦。

    三 惯例小结

    虽然docker运行起来较为折腾,然而这种容器的出现使得我可以随心所欲的测试新的程序,而不用担心破坏或污染系统环境,导致之前重要的程序需要重新折腾运行(要相信一点,能运行一次的程序一定能够运行第二次,只是在系统环境改变后需要折腾)。也希望笔者能够通过本公众号了解docker后开心的进行程序开发。

    PS:下一期或许会汇总一些我知道的比较好的招聘信息,大家可以关注。

    另外,进一步推广一下我开发的相关软件,Multi-omics Hammer软件和Multi-omics Visual软件,也欢迎大家关注并多提意见,详细的话可以见个人主页介绍。

    以下为自研软件地址:

    Multi-omics Hammer软件地址:https://github.com/wangjun258/Multi-omics-Hammer

    Multi-omics Visual软件地址:https://github.com/wangjun258/Multi_omics_Visual

    四 封面图

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