Miniconda/Anaconda + qiime2安装

miniconda安装

miniconda这么一个傻瓜式安装软件，方便了很多用户。但这建立在网络良好的基础上，国内网络一旦不好，基本上就很难安装了，太难了。此次安装建立在AWS上，下载速度快到让人落泪。

Miniconda 安装包地址
https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/miniconda/

1 下载
wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py38_4.8.2-Linux-x86_64.sh

运行安装
#里面有步骤让选择安装路径，自己选择
bash Miniconda3-py38_4.8.2-Linux-x86_64.sh

添加环境变量
echo 'export PATH="/path/to/miniconda3/bin:$PATH"' >> ~/.bashrc

2 添加镜像：
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

# Conda 附加库: Conda Forge
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
 #Conda 附加库: msys2
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
 #Conda 附加库: bioconda
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
 #Conda 附加库: menpo
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/menpo/
上面这些库我都没添加，需要的话可以再添加
或者直接修改文件~/.condarc

结束

Anaconda安装

下载
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/Anaconda3-2020.11-Linux-x86_64.sh
随便什么方法，下载即可

sh Anaconda3-2020.11-Linux-x86_64.sh
安装就OK

qiime2安装

下载qiime2-2020.11-py36-linux-conda.yml
这个文件不好下载，保存到百度云盘：

conda env create -n qiime2-2020.11 --file qiime2-2020.11-py36-linux-conda.yml
安装时候有报错，说最好用python3，这样不会出错

安装python3
下载Python-3.8.7.tgz
解压 tar zxvf Python-3.8.7.tgz
./configure --prefix=/directory/prefix

有个报错，说openSSL版本不匹配

下载openSSL
https://www.openssl.org/source/openssl-1.0.2o.tar.gz
安装
./config shared --prefix=/directory/prefix
make
make install

回到python3安装
./configure --prefix=/directory/Python-3.8.7/prefix --with-openssl=/directory/openssl-1.0.2o/prefix/lib/ --enable-optimizations

再回到qiime2安装
conda env create -n qiime2-2020.11 --file qiime2-2020.11-py36-linux-conda.yml
或者
conda install -c bird qiime2
都可以

激活/关闭工作环境
conda activate qiime2-2020.11
conda deactivate