单细胞转录组太火，以至于很多之前根本没有做过转录组的人朋友也有了这方面的需求，而且单细胞数据分析的工具一般都是高度集成化的，所以直观上也比较容易上手，但是做着做着就会发现，基础知识还是需要补充的。我们之前提过，单细胞转录组本质上还是转录组，只是在单个细胞的维度上而已。那么传统的单细胞框架是如何的呢？也不外乎，比对，定量，差异分析。下面这篇文章系统总结了转录组分析的框架以及用到的软件。
Gaining comprehensive biological insight into the transcriptome by performing a broad-spectrum RNA-seq analysis
Sahraeian, S.M.E., Mohiyuddin, M., Sebra, R. et al. Gaining comprehensive biological insight into the transcriptome by performing a broad-spectrum RNA-seq analysis. Nat Commun 8, 59 (2017). https://doi.org/10.1038/s41467-017-00050-4
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