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Nhanes数据库介绍及使用(一)

Nhanes数据库介绍及使用(一)

作者: 不学临床的医学生 | 来源:发表于2020-08-23 20:54 被阅读0次

1. NHanes数据库介绍

  • NHanes是比较有名的公共数据库,虽然已经有前人发过不少文章。但主要肯挖掘,还是有好文章产出。(以一篇BMJ文章为例:Weight change across adulthood in relation to all cause and
    cause specific mortality: prospective cohort study,真正诠释了啥叫不起眼的数据发大文章,所以说重要的还是idea)
  • 美国国家健康与营养调查( NHANES, National Health and Nutrition Examination Survey)是一项基于人群的横断面调查,旨在收集有关美
    国家庭人口健康和营养的信息。项目每年调查一个全国代表性的样本,约5000人,这些人群位于全国各县。NHANES访谈部分包括人口统计学、社会经济学、饮食和健康相关问题。体检部分包括生理测量、实验室检查等内容。
  • 当然介绍的再多都不如自己去网站逛一逛https://www.cdc.gov/nchs/nhanes/index.htm

2. NHanes数据库使用教程(以SAS为例)

  • 下载数据:

    (1) 网页直接下载: 以2005-2006的人口学数据为例,点击画红框的区域即可下载,数据为xpt格式
    (2) 代码下载:
filename xptIn url "https://wwwn.cdc.gov/nchs/nhanes/2015-2016/DEMO_I.xpt"; 
libname xptIn xport; 
  • 导入数据:
    (1) 网页下载数据集导入:
libname XP xport "C:\NHANES\DATA\DEMO_I.xpt"; /*改成相应的硬盘地址*/
data demo_i;
  set xp.demo_i;
run;   /*复制到work数据集,也就是临时数据集*/
data mydata.demo_i;
  set xpt.demo_i;
run;  /*复制到mydata数据集,也就是永久数据集*/

(2) 下载数据集导入:(只需要复制的步骤)

data demo_i;
  set xp.demo_i;
run;   /*复制到work数据集,也就是临时数据集*/
data mydata.demo_i;
  set xpt.demo_i;
run;  /*复制到mydata数据集,也就是永久数据集*/
  • XPT文件格式批量导入(提高效率必备):.xpt扩展也被称为通常由SAS应用创建的数据格式,或许这就是为什么双击xpt文件也能打开的原因(当然双击的效率相较于代码还是略低)
    批量导入的话肯定要用到宏程序(需要修改的地方只有三处,均已中文注释):
/* The code below creates a transport file in the temp folder for use by the macro */

  libname testlib xport 'D:\NHANES\trans.xpt';  /*修改为存放xpt数据集的硬盘位置*/
    proc copy in=sashelp out=testlib;
    select retail;
  run;

/* Note:  Macro starts here */

/* Macro using PROC COPY and the XPORT engine for reading transport files*/
%macro drive(dir,ext,out);                                                                                                                  
                                                                                                                                        
  %let filrf=mydir;                                                                                                                      
                                                                                                                                        
  /* Assigns the fileref of mydir to the directory and opens the directory */                                                                    
  %let rc=%sysfunc(filename(filrf,&dir));                                                                                                
  %let did=%sysfunc(dopen(&filrf));                                                                                                      
                                                                                                                                        
  /* Returns the number of members in the directory */                                                                   
  %let memcnt=%sysfunc(dnum(&did));                                                                                                      
                                                                                                                                        
   /* Loops through entire directory */                                                                                                  
   %do i = 1 %to &memcnt;                                                                                                                
    
     /* Returns the extension from each file */                                                                                                                                    
     %let name=%qscan(%qsysfunc(dread(&did,&i)),-1,.);                                                                                   
                                                                                                                                        
     /* Checks to see if file contains an extension */                                                                                     
     %if %qupcase(%qsysfunc(dread(&did,&i))) ne %qupcase(&ext) %then %do;                                                                  
                                                                                                                                        
     /* Checks to see if the extension matches the parameter value */                                                                      
     /* If condition is true, submit PROC COPY statement  */                                                                      
     %if (%superq(ext) ne and %qupcase(&name) = %qupcase(&ext)) or                                                                       
         (%superq(ext) = and %superq(name) ne) %then %do;    
                                                                         
            libname old xport "&dir.\%qsysfunc(dread(&did,&i))"; 
        libname new "&out";
        proc copy in=old out=new;
        run;
     %end;                                                                                                                               
   %end; 
  %end; 
                                                                                                                                        
  /* Close the directory */                                                                                                            
  %let rc=%sysfunc(dclose(&did));                                                                                                        
/* END MACRO */                                                                                                                                           
%mend drive;   

/* Macro call */

/*First parameter is the source folder, the second parameter is extension being */
/*searched for, and the third parameter is the target directory for the         */
/*converted files.                                                              */

  %drive(D:\NHANES,xpt,D:\NHANES\)   /*前后修改为存放xpt数据集的硬盘位置,后一个多一斜杠*/

3. 下一期内容预告
介绍数据集以及研究设计基础知识及权重的使用

4. 参考内容

郭晓娟, 田国祥, 等. NHANES项目介绍及数据提取流程.[J]. 中国循证心血管医学杂志, 2019, 6(11):654-657.
https://wwwn.cdc.gov/nchs/data/tutorials/file_download_import_SAS.sas
https://support.sas.com/kb/33/918.html
https://www.cdc.gov/nchs/nhanes/index.htm
https://www.reviversoft.com/zh-cn/file-extensions/xpt

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