Linux环境下的软件安装---Miniconda

Miniconda类似于App Store, 90%以上的软件都能搜到，一键安装，方便又快捷。

1.Miniconda的下载

1）百度/谷歌搜索“miniconda 清华”
2）根据服务器是多少位 (输入命令 uname -a可知),选择合适的最新版本，复制链接
3）打开服务器进入biosoft目录，用wget 命令加刚刚复制的链接（https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh ）下载

2.Miniconda的安装

1）如下

来自生信星球豆豆&花花
2）必须得激活

source ~/.bashrc来激活conda
命令行输入conda，出现满屏的信息说明成功了
如果报错，说明你可能没有进行上一步的source ~/.bashrc命令。

3）添加镜像

# 使用清华镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes 

3.基础训练

1）conda list--查看当前服务器上安装的所有软件列表
2)conda search fastqc--搜索conda软件【这里以数据质控软件fastqc为例】
3)conda install fastqc -y--安装软件【-y是yes，安装过程中conda问你的问题全部回答yes】
4）conda remove fastqc -y--卸载软件

4.拓展练习

conda info --envs -- 查看当前conda有哪些环境
conda create -n rna-seq python=3 -y-- 建立一个名叫rnaseq的conda环境
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y-- 创建环境与安装软件fastqc、trimmomatic同时
conda activate rna-seq-- 激活新的conda环境
conda deactivate-- 退出当前环境

以上为conda的下载，安装，激活，基本使用方法(均来自生信星球)

5.总结

其实之前我有自己摸索过，一些基本的都有安装，但都是断断续续的学习（因为总有理由说服自己没有时间学习狗头），总有一种云里雾里的样子，今天又跟着花花在自己电脑上走了一遍过程，终于知道自己在敲代码并且敲的是什么了，有一种拨开云雾见太阳的感觉。这种连续的带动性学习对我来说真的太可了手动大拇指点赞！希望以后还有这样的学习计划！爱了