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上有核苷酸,下有氨基酸的图片是怎么做出来的?

上有核苷酸,下有氨基酸的图片是怎么做出来的?

作者: 种菜的小王 | 来源:发表于2020-03-30 10:56 被阅读0次

    昨天晚上补课了一下釜山行,惊险刺激。

    然而,刚刚看完电影就突然被老师cue,更加刺激。

    手忙脚乱完成了老师的临时任务,看了看表,十一点二十,qq弹出了消息:

    来自小师妹的虚心请教 图片放大版

    说实话,这图我会做是会做,但是可能是一年,又或者是一年半之前做的了,这猛地一问,我还真有点想不起来。算球咯,还是先睡觉,明天再说吧。


    于是今天早晨一起来,可能是睡了一觉,神清气爽,很容易就想起来了hhh。

    首先我们需要下载一个DNAMAN,我的下载地址是这里。里面有具体的安装步骤,还有部分使用方法,比如说获得反向互补序列,设计引物,序列比对等。这篇文章主要讲一下 ①核酸氨基酸比对图,②氨基酸多序列比对:

     ①核酸氨基酸比对图:

    导入核苷酸序列:快捷键Ctrl + O,打开任意格式的序列文件,全选序列,点击上方seq,导入序列。

    只有在选择了内容的情况下才可用

    导入序列后,主菜单Protein ——》Translation,会弹出以下对话框,根据自己需求进行选择。

    设置好之后OK

    OK后得到下图,可以看到和我们一开始给出的图片还是有些差距,比如中间多一些空白行,碱基上方多一些数字等,这个时候我的方法是:手动删除(摊手)。

    得到的结果全部是可编辑模式

    需要注意的是,这个结果无法以图片格式保存,你save之后只能得到一个seq文件,如果想保存为图片,你可以截图,然后用修图软件调成高dpi(如果杂志有要求的话)。到这里,核苷酸氨基酸对比图就完成了。


    ②氨基酸多序列比对:这个主要步骤在软件下载那个网址下方有,这里列出一种更简单的方法:

    直接Sequence ——》Alignment ——》Multiple,导入你设置好的多序列文件,多个序列的顺序可以自行设置,比如和你做的进化树保持同样顺序等等,格式见下图:

    大于号区分不同序列

    默认参数一般不用改动,一直下一步下一步直到完成即得到下图。

    得到图片 Options里面的内容 输出图片的时候我们一般选择EMF,这种格式可在word里进行编辑

    到这里,多序列比对图也搞定啦,希望对你有用。新的一周,元气满满开始学习吧~

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