化肥、农药作为农业生产的一大催化剂，在给农作物带来丰产的同时，也给农业带来一些负面影响。看不见的土壤污染所生产出的农产品已摆上人们的餐桌：如“瓜不甜、菜不香、果无味、等问题摆在了人们的面前，因此，解决土壤污染问题已势在必行。
与水变黑、天变灰这样肉眼可见的污染相比，土壤污染有着一定的隐蔽性。正因为这样，土壤污染多年来被人们所忽视。化肥过量是土壤污染的一个重要因素，过量使用化肥可导致土壤板结、酸化加剧、盐碱化致使肥料利用率极低，地下水遭受污染，作物长势差，品质下降，效益低等连锁反应。
“骨骼的健康需要钙、磷、镁这三种元素来支撑。这三种元素全部来自于土壤，但其在土壤里的流失程度非常严重。数据表明，有些地方土壤里钙流失甚至达到百分之八十多。”土壤里的矿物质、微量元素以及微生物等的变化，正在影响着人体健康，这一点已成为多位专家的共识。
“微量元素和微生物是人体代谢机制的重要组成部分，最新的研究发现，一些机体必需的微量元素正是人体肠道菌群代谢所必需的介质。”
有机肥对土壤和农作物的改善是一个循环渐进的过程，而养分的针对性发挥需要一定的时间和过程，往往需要的量也十分多。但化肥就可以在短时间内改善农作物的生长需求，但也容易丧失很多养分。
有机肥中最不缺的就是益生菌，这些微生物在土壤中能够发生生物学的作用，对土地不断的改善，让贫瘠的土壤更加肥沃，但化肥却起到相反的作用。
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