Linux下使用aspera下载EBI高通量数据

写在前面的话，不要用NCBI，不要用NCBI，不要用NCBI！！！重要的事情说三次！！！真的太垃圾了，气的我要爆炸，来回检查没错误就是下不了，换了EBI下载速度飞起，NCBI有的EBI基本都有，所以，放弃NCBI吧！

aspera的下载安装参考这篇文章：
安装Aspera Connect工具下载sra数据 - 简书 (jianshu.com)

下面进入下载的正题：
EBI官网：https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home

在EBI官网中搜索文章中的项目编号，BioProject后即为项目编号，以下图为例：

搜索结果如下，网页下拉可以看到这个project下所有的高通量数据信息：

右键测序数据文件，在新目标页中打开，得到下载地址：
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR640/001/SRR6400061/SRR6400061_1.fastq.gz

1. 单文件下载

创建目录文件夹保存下载数据：

mkdir ~/wangjing/mut

前面命令都是一样的，只需要替换fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1后面的文件下载地址即可：

cd ~/.aspera/connect/bin
./ascp -k 1 -QT -l 300m -P33001 \
-i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh \
era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR640/001/SRR6400061/SRR6400061_1.fastq.gz ~/wangjing/mut

具体参数的意义可以通过./ascp -h查看帮助文档：

或者这篇文章中有介绍：
使用aspera下载.fastq.gz和.sra数据 - 简书 (jianshu.com)

2. 批量文件下载

方法1：while done循环

下载得到.txt，其中包含下载地址，找到fasp.sra.ebi.ac.uk:开头，整理为srr.list：

cat ~/wangjing/mut/srr.list | while read id 
do
./ascp -k 1 -QT -l 300m -P33001 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@$id ~/wangjing/mut/
done

方法2：--file-list参数

整理down.list，和上面的格式稍有不同：

自带的--file-list参数可以完成批量下载数据：

./ascp -k 1 -QT -l 300m -P33001 \
-i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh \
--user era-fasp --mode recv --host fasp.sra.ebi.ac.uk --file-list  ~/wangjing/mut/down.list ~/wangjing/mut/

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