PICRUST2

PICRUSt2：OTU/ASV等16S序列随意预测宏基因组，参考数据库增大10倍

• https://github.com/picrust/picrust2/wiki

https://github.com/picrust/picrust2/wiki/PICRUSt2-Tutorial-(v2.1.4-beta)

• PICRUSt2 (Phylogenetic Investigation of Communities by Reconstruction of Unobserved States)是一款基于标记基因序列来预测功能丰度的软件。

• 工具原理

  1. 先根据已测微生物基因组的16S rRNA基因全长序列，推断它们的共同 祖先的基因功能谱;
  2. 对Greengenes数据库中其它未测物种的基因功能谱进行推断，构建古菌和细菌域全谱系的基因功能预测谱;
  3. 最后，将测序得到的菌群组成“映射”到数据库中，对菌群代谢功能 进行预测。

1. 安装

conda create -n picrust2 -c bioconda -c conda-forge picrust2
source activate picrust2

2. 测试数据

• whether knocking out the protein chemerin affects gut microbial composition.

wget http://kronos.pharmacology.dal.ca/public_files/tutorial_datasets/picrust2_tutorial_files/chemerin_16S.zip
unzip chemerin_16S.zip
cd chemerin_16S

• 产生三个数据

metadata.tsv
seqs.fna
table.biom

• seqs.fna

>86681c8e9c64b6683071cf185f9e3419
CGGGCTCAAACGGGGAGTGACTCAGGCAGAGACG
>663baa27cddeac43b08f428e96650bf5
CGGGCTCAAACGACGGATGAATACTTTTGAAAGGA

• table.biom

biom head -i table.biom

# Constructed from biom file
#OTU ID 100CHE6KO   101CHE6WT   102CHE6WT   103CHE6KO   104CHE6KO
86681c8e9c64b6683071cf185f9e3419    716.0   699.0   408.0   580.0   958.0
b7b02ffee9c9862f822c7fa87f055090    51.0    98.0    96.0    91.0    223.0

数据预处理

1.罕见asv 要删除

2. 删除低深度样品