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Wego input文件准备

Wego input文件准备

作者: bio_橡树 | 来源:发表于2021-12-10 23:25 被阅读0次

    今天通过几行代码来准备Wego input的文件:

    1. Wego官网要求的输入文件格式(https://wego.genomics.cn/

      1639148090(1).jpg
    2. 现有GO分析结果


      1639148267(1).jpg
    3. 要把gene编号和对应的GO编号提取出来,用sed和awk命令实现。

    第一步:先把##和%都替换成 \t

    sed -e 's/%/\t/g' -e 's/##/\t/g' data.txt
    

    第二步:用awk把带有GO的列输出

    awk '{print $1}{ for(i=1;i<=NF;i++)if($i~/GO/) print $(i)}' go.txt >1.txt   
    

    第三步:再把\nGO替换成GO

    在vim编辑器里%s/\nGO/GO/g(因为sed里不识别\n)
    

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