这本书讲述了，男女主人公天吾和青豆从初次了解到分离，再苦苦寻找对方并最终在一起的故事。
天吾从小就跟着他的父亲长大，每到周末他父亲就会带着他去收NHK电视费。作为一个NHK收款员，天吾的父亲尽职尽责，希望通过自己对工作的态度来教导天吾。然而对于小时候的天吾来说，是需要更多时间去和自己的同学玩耍，是需要来自于父亲对于自己学习成绩的表扬，而不是跟着父亲工作，以至于天吾孤独的没有一个朋友，甚至在天吾的心中开始怀疑这个人只是他养父，而且他们两者的长相一点也不像，好像两个极端。尽管天吾讨厌这样的生活，但他不得不忍受，因为天吾还无法一个人单独生活。在跟着父亲工作的路上总遇到一对劝人入教的母女，这是青豆和她的母亲。
青豆从刚学会走路起，就跟随母亲劝别人入一个叫做'证人会'的教会。和天吾一样，基本上没有自己可支配的时间，而且作为证人会的孩子，青豆每当就餐前都要大声地祈祷，这样做导致她基本上没有朋友，而且在别人的眼中是一个怪人。青豆原本可以不用这样做，只要母亲问起来随便编个理由就可以了。而青豆并没有这样做，她反而很享受这种来自别人异样的眼光。但在青豆的眼里有一个人例外，那就是和自己一样处境的天吾。可能目睹了无数次在彼此眼中的孤独，青豆终于鼓起勇气接触天吾。他们并没有语言上的交流，而是青豆用力地握着天吾的手，仿佛在那一刻两人已经融为一体不分彼此。虽然时间很短，但在彼此的心中都留下了深刻的印象，以至于后来两人都有了人生第一次对异性的身体反应。但随后青豆就转学了，两人之后就失去彼此的联系。
对与天吾也好青豆也好，从懂事起便开始努力，分别获得体育奖学金，试着远离父母。事实上两人都是优秀的体育选手。本来就拥有天赋吧。但同时他们都有非优秀不可的理由。对他们来说，作为体育选手被认可、留下优异的成绩，几乎是自立的唯一手段，是保存自我的宝贵票据。和普通的少男少女想法不同，直面世界的姿势也不一样。
从中可以看出，天吾和青豆通过了自己的努力摆脱了父母。天吾现在是一位补习学校的数学老师，每周上三天课。这只能算是他的兼职，因为他把剩下的时间用来写作。虽然没有出名，但天吾依然写下去，这可能是天吾受他父亲的影响。对与自己所做的或则喜欢的事情上，都选择坚持下去。青豆成为了一位健身教练，她所教授的对象是女性，尤其是受过压迫女性居多。因为她的好友大冢环因家暴而自杀，所以青豆要保护她们，甚至制作一把特殊的武器，使用它来把那些可恶的男人送到另一个世界。以至于和一位夫人达成了某种特殊的协议。
在天吾接触到了《空气蛹》这本小说，并且成功的改写了，使得这本小说成为畅销书。小小人、空气蛹、母体与子体，两个月亮。这些都影响着天吾，让天吾卷进了一个神秘而强大教会的纷争中。在经历这些后，天吾面临着父亲病危，重新面对着父亲，天吾想知道自己的身世更加的强烈。但他父亲并没有准确的告诉天吾，他选择把秘密带到另一个世界。他安排好了死后所有的事情，留下遗嘱、选好棺木以及穿着NHK制服离开这个世界。护士安达久美说过一段话：一个人死去，不管有怎样的前因后果，都是件不得了的事。因为为这个世界忽然裂开了一个豁口。我们得规规矩矩地表示敬意才行。不然那豁口就堵不上了。这些话点醒了天吾，不要纠结于过去，因为你的生命中已经有了他的存在。不论他是不是你的真正的父亲，现在你所要做的就是继续努力生活下去。从牛河调查中发现，天吾的母亲是在和别人私奔中被杀害的，忽然有些明白了天吾的父亲为什么要天吾跟着他，第一可以时刻保护着天吾，直到天吾长大。第二希望天吾不会接触到他母亲的事情。
青豆在一次执行特殊任务时，误入了1Q84这个世界。这个世界有着小小人、空气蛹、母体与子体和两个月亮，也许是天吾的召唤，青豆在这个有两个月亮的世界，找到了自己的人生。在与教团领袖的谈话里得知，天吾有来自该教团的危险。青豆为了保护天吾与领袖达成协议，青豆结束领袖的生命并且要承受来自于教团的疯狂报复。青豆在结束领袖的生命后，没有了以前的那种心理上的沉重，不是领袖的身体状况本来已经快结束了，青豆只是加速了这个过程，而是为了天吾的安全。青豆在明知道自己会死的情况还是选择这样做。当青豆选择用枪自杀时，仿佛听到天吾的声音而放弃，同时青豆神奇地怀孕了。在排除了一些人之后，青豆坚决地认为怀的是天吾的孩子。在随时会有生命危险的地方，青豆依然等待着天吾的出现。
在天吾得知青豆的下落并且青豆也在寻找他，天吾明白自己的新生活已经开始了，也是时候离开猫城。两人在冰冷的滑梯上无言的双手紧握。他们又成了十岁的少年和少女，一个孤独的少年和一个孤独的少女。有生以来从未被别人真正爱过，也没有真正爱过别人。现在的他们又相遇在一起，一个孤独遇上另一个孤独，那么可以相互填补对方的空白。在青豆的带领下，他们来到了一个月亮的世界。
我必须承认生命中大部分时光是属于孤独的，努力成长是在孤独中可以进行的最好的游戏
为了不想过着无趣的人生，为了想自己变的更像自己，而不是父母期待中的自己，我必须努力成长，不断尝试新的事物和生活。即使这条路有多么不容易，都依然坚持。因为和普通的少男少女的想法不一样，直面世界的姿势也不一样。
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