SYBYL软件简介

SYBYL是美国Trepos公司研发的一款用于药物小分子和生物大分子科学领域的综合分子模拟软件，可以用SYBYL软件对适配体和小分子的对接情况进行模拟和打分，其中SYBYL软件自带打分函数Total－Score，可以利用自带的打分函数评估每一次分子对接的结果。

      由近50个模块组成。可以模拟的内容包括药物小分子的建模、构象分析、三维定量构效关系研究、药效团建模、虚拟筛选、生物大分子的同源模建、活性位点分析、数据库搜索等。sybyl是常用的同源模建软件。涵盖药物设计的各个方面,包括:

（1） 基于受体的分子对接和虚拟筛选、从头药物设计;

（2） 基于配体的定量构效关系、药效团建模和虚拟筛选、基于配体的虚拟筛选;

（3） 生物大分子同源模建;

（4） 组合库设计和优化;

（5）化合物管理等诸多方面。

SYBYL做分子对接

Sybyl分子对接 （Surflex-Dock）专题[1]：以蛋白为受体的对接。（链接如下）：（https://mp.weixin.qq.com/s/rTZsdpif0riGZ1wUKt1x8A）

分子对接与分子形状相似性是目前最常用的两种虚拟筛选方法,SYBYL- X的Surflex- Dock与Surflex- Si m分别是广泛应用的分子对接与分子形状相似性虚拟筛选软件。Surflex支持命令行、(跨节点、多核)并行。

Surflex-Dock是SYBYL软件中的分子对接模块，它采用独特的经验打分函数和基于分子相似性的搜索引擎，将配体分子对接至蛋白的结合位点。

Surflex-Dock原理：Surflex-Dock使用原型分子（protomol）表示蛋白的结合口袋，利用探针探测蛋白口袋表面疏水、氢键和静电等性质，生成蛋白质活性口袋的负像。

Surflex-Dock引入了Surflex-Dock Normal，Surflex-Dock Screen，Surflex-Dock Geom，Surflex-Dock GenomX四种分子对接模式，可以实现蛋白柔性对接、限制性对接、以DNA为靶的对接等特殊对接模式。

（学习链接：http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MjM5NjIwNDA5MQ==&mid=403110860&idx=1&sn=f95b2fd4dac0703de2ce904ecf4dbdb9&scene=0&from=singlemessage&isappinstalled=0#wechat_redirect）