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TAIR周期性更新的注释原来不在FTP服务器上

TAIR周期性更新的注释原来不在FTP服务器上

作者: xuzhougeng | 来源:发表于2019-01-07 13:30 被阅读163次

今天师弟和我说TAIR上更新了一波拟南芥的最新注释信息,还把新闻网址发给了我,然而我打开一看,咋啥都没有呀。

神秘操作前

经过一波神秘的操作后,我拥有了看到这一片空白背后真相的能力,也就是TAIR每隔3个月的日常更新,即TAIR更新了他们的最新注释数据

神秘操作后

根据提供的网址https://zenodo.org/record/2530282#.XDLgk1wzaUk,简单说下他们到底更新了那些数据:

  • ATH_GO_GOSLIM.txt.zip: TAIR和TIGR提供的拟南芥基因对应的GO注释
  • Araport11_functional_descriptions_20171231.txt.gz : 基因的功能描述,更新到20171231
  • Locus_Germplasm_Phenotype_20171231.txt.gz: 基因对应的标新
  • Locus_Published_20171231.txt.gz: 基因对应的文献
  • gene_aliases_20171231.txt.gz : 基因的别名
  • po_anatomy_gene_arabidopsis_tair.assoc.gz : 解剖学相关的植物本体论
  • po_temporal_gene_arabidopsis_tair.assoc.gz : 时间相关的植物本体论

此外,我终于明白为啥我之前找到的注释那么老旧了。

官方旧版

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