Linux下常识

• \t 制表符（Tab键）
• \n 换行符（Enter键）
• Backspace键不起作用时，可以Ctrl+Backspace
• 成对的符号最好成对先打然后再打里面的内容，比如‘’，"",()
• --help 调用帮助文档
• 软链接文档应该是浅蓝色，红色就有问题（前提是之前修改过命令行配色）

sed

sed [-option] 'script' file
option参数用的较少，其中-e是执行多个命令。主要设置就是script参数的操作：
script包含3部分：[address][!]command
address是指出操作的位置：
2 表示第2行
2,4 表示第2-4行
2,$ 表示第2到最后一行
2 ~3 表示从第2行开始，每隔3行取一行
/pattern/ 表示能匹配上pattern的行
[!] 表示取反
command是怎么操作：
a 指定位置后增加一行，内容为a后面的字符串
i 指定位置前增加一行，内容为i后面的字符串
d 删除某几行
c 修改一整行的内容
s/old/new/[flags] 把整个old内容用new内容替换（///可以换成###，---等等)，且默认只替换第一个，要全部替换要用g
y/ATCG/TAGC/ 把ATCG的每个字符一一对应的替换为TAGC，所以可以用来取反向互补链

sed练习：

先看原图： cat readme.txt

图片.png

要增加一行内容： cat readme.txt |sed '1a welcome to a new world'

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要在每行前都增加一行相同的内容：cat readme.txt |sed '1,3i welcome to a new world'

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要把某几行用相同的内容替换掉：cat readme.txt |sed -e '1,3i welcome to a new world' -e '1,3d'
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要把整个文章里的某些单词替换成另外的单词：cat readme.txt | sed 's/to/TO/g'

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猜一猜：cat readme.txt | sed '/^$/d'是啥意思？
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awk是一个编程语言

既可以像grep和sed一样对文本处理，也可以对数据进行处理，可以配合if等语句一起使用，强大！
1、最基本结构：awk [option] '{script}' file
2、复杂一点的结构：awk [option] '/pattern/{script}' file
3、再复杂一点的结构：awk [option] 'BEGIN{script}{script}END{script}' file
工作原理：awk在处理每一行文本时，是首先对文本进行字段切割，然后按字段逐一进行读取，默认的字段分隔符是空格或制表符。所以，$0代表整行文本，$1代表第一个字段，以此类推，$NF代表最后一个字段。（似曾相识啊，R语言里面也有类似的语法）

awk练习：

先上原数据：less -S example.gtf

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为了看清楚是换行符还是空格：cat -A example.gtf | less -S

图片.png

取第9-10列内容：

less -S example.gtf | awk '{print $9,$10}' | less -S

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想要自己指定分隔符，比如只要制表符：less -S example.gtf | awk -F '\t' '{print $9}' | less -S

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设置把符合筛选条件的行输出，则要用到if语句：

less -S example.gtf | awk  '{if($3 == "gene") print $0}' | less -S

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如果只是匹配gene的话，只要带有gene的字段就全都输出了：less -S example.gtf | awk '/gene/{print $0}' | less -S

图片.png

搜一搜是什么意思：

less -S example.gtf | awk  'BEGIN{FS="\t";OFS="\t"} {gsub("gene","Gene",$3);print $0}' |less -S

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