Day5-孟思博

作者: 孟思博 | 来源:发表于2019-04-12 21:07 被阅读0次

背景知识回顾:

1.R的代码都是带括号的,括号必须是英文的。
2.表格在R语言中改名叫数据框_
3.?+命令或者函数,调出对应的帮助文档,翻到example部分研究一下。
4.数据类型:
(1)向量(vector)
(2)矩阵(Matrix)
(3)数组(Array)
(4)数据框(Data frame)
(5)List

以下开始正文部分:

part1:向量

1.标量和向量的区分:

元素指的是数字或者字符串等,根据它可以区分两个词:
标量:一个元素组成的变量
向量:多个元素组成的变量
例如:
x<-c(1,2,3) #常用的向量定义写法,意为将x定义为由元素1,2,3组成的向量。
x<-(1:10) #从1-10之间所有的整数
x<-seq(1,10,by = 0.5) #1-10之间每隔0.5取一个数(注意这里是逗号不是分号)
x<-rep(1:3,times=2) #1-3 重复2次
提示:后一次的赋值能覆盖前一次,避免用常见名称如pi赋值。

2.从向量中提取元素

(1)根据元素位置,例如:
x[4] #x第4个元素
x[-4]#排除法,除了第4个元素之外剩余的元素
x[2:4]#第2到4个元素
x[-(2:4)]#除了第2到4个元素
x[c(1,5)] #第1个和第5个元素
(2)根据值的大小
x[x==10]#等于10的元素 ==意思是等于
x[x<0]
x[x %in% c(1,2,5)]#存在于向量c(1,2,5)中的元素

Part2:数据框

按照教程例子,先在工作目录下添加文档doudou.txt,里面内容如下:
X1,X2
A,1
B,
C,
D,3
E,
(#NA空值可留空,不用输入)
用以下命令即可读取数据框:x<-read.csv('doudou.txt')#区分大小写

(1)读取本地数据

read.table(file = "doudou.txt",sep = "\t",header =T) #读取文件,分隔符为Tab,有表头
a<-read.table(file = "huahua.txt",sep = "\t",header =T)#把这个数据框赋给一个变量a

以上命令等同与a<-read.csv('doudou.txt')

(2)设置行名和列名

x<-read.csv('doudou.txt') #在示例数据里有doudou.txt 注意这里的变量x是一个数据框
colnames(x) #查看列名
rownames(x) #查看行名
colnames(x)[1]<-"bioplanet"#有的公司返回数据,左上角第一格为空,R会自动补为x,用这个命令来修改
x<-read.csv(file = "doudou.txt",sep = "\t",header =T,row.names=1)#最后row.names的意思是修改第一列为行名

(3)数据框的导出

write.table(x,file = "new.txt",sep = ",",quote=F)#分隔符改为逗号,字符串不加双引号(默认格式带由双引号) #在工作路径下会看到new.txt的新文件

(4)变量的保存与重新加载

保存的格式是RData。
save.image(file="bioinfoplanet.RData")#保存当前所有变量
save(frame1,file="frame1.RData")#保存其中一个变量,frame1修改成自己要保存的变量名称
load("frame1.RData")#再次使用RData时的加载命令,frame1注意修改名称

(5)提取元素

(#以下命令括号外x代表向量名称,[ ]内代表行列数)
x[x,y]#第x行第y列
x[x,]#第x行
x[,y]#第y列(横着写,这是不够懒也不够优秀却能存在的写法)
x[y] #第y列(竖着写,这是懒惰又优秀的写法)
x[a:b]#第a列到第b列
x[c(a,b)]#第a列和第b列
x$列名 #支持Tab自动补全哦,不过只能提取一列)

(6)【选修部分】直接使用数据框中的变量

提取某两列作散点图:
c <-data.frame(case=paste("S",c(1:50)),values=runif(50))

plot(ccase,cvalues)(#这里的case和values是两个单纯的列名)
简化办法:
方法1:attach
将数据框名添加到搜索环境中:attach(c),作图时就只需输入列名
attach(c)
plot(case,values)
做完后将a删除出搜索环境 detach(c)
方法2:with
with(c,{

  • plot(case,values)
    x<<-summary(values) #求和并赋值给x,<<的意思是作为全局变量,y也就是出了with循环仍有效。
    })
    x #运行完后打印x
    附注:保存的脚本文件的格式是*.R
    思维导图:


    第五天思维导图.png

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