Day3-孟思博

作者: 孟思博 | 来源:发表于2019-04-10 23:43 被阅读0次

    今天的学习内容是:linux如何安装软件?

    1 简单了解conda--“linux的应用商店”

    2 给你的服务器下载conda-我们用它的精华版--miniconda就可以。

    3 安装和配置miniconda

    4(重点),使用miniconda,也就是查看已安装的软件、搜索、安装、卸载(生信需要的)软件,我们以fastqc为例,这里仅是入门操作。

    5不同的生信实战项目,需要定制conda的分身。

    完成过程:

    1.输入yum install -y bzip2 命令安装压缩软件(一般服务器都有,但是免费的阿里云没有)

    2.安装Miniconda 负责生信领域软件包管理器:

    2.1进入工作目录,如cd biosoft
    2.2用wget命令+下载链接进行下载。百度/谷歌搜索“miniconda”(是英文网站)=》你会看到linux下面有64-bit、32-bit两种版本=〉接下来,查看自己服务器是多少位的=》安装python3.6对应的版本=〉右键-复制下载链接
    wget
    https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
    (运行后相当于安装包已经在电脑上了)
    2.3 用bash运行这个安装用的脚本(安装包),如:bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh(这就是脚本最后一个/后的部分)
    安装成功如图所示:

    aaa.png
    2.4激活软件(相当于输入序列号) 如
    source ~/.bashrc*
    2.5参考演示视频 链接:···https://share.weiyun.com/5J82l9g 密码:iwcd4k···
    2.6添加国内镜像:目的是:加快软件下载速度(以下每行运行)
    conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free
    conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
    conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
    conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
    conda config --set show_channel_urls yes

    (至此,相当于拥有一个软件管家)

    3 使用conda:

    3.1 查看当前所有软件列表 conda list
    3.2 搜索软件 conda search fastqc 【这里以数据质控软件fastqc为例】
    3.3 安装软件*** conda install fastqc -y** (加上-y是自动安装,也可不加)
    如果要指定版本号,可以conda install fastqc=0.11.7 -y
    3.4 卸载软件 conda remove fastqc -y

    4 conda 环境:

    每一个项目都需要不同的软件,软件结合可也能需要不同版本,比如A项目你需要用a软件V 1.0版本,但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本,办法就是分身!!安装不同的软件,互不干扰。这个分身就是不同的“conda environment”
    4.1 先查看当前conda有哪些环境 conda info --envs
    4.2 建立一个名叫rnaseq的conda环境,然后指定python版本是3,安装软件fastqc、trimmomatic conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
    (再次查看环境,多了一个rna-seq。但是发现,默认还是base)
    4.3激活新的conda环境 source activate rna-seq
    输入fastqc出现下面的一大片信息就说明可以使用了。说明软件安装成功。
    4.4卸载一个环境中的软件
    卸载某个软件:** conda remove -n rna-seq fastqc -y**
    全部卸载,也就是卸载这个环境conda remove -n rna-seq --all
    最后卸载环境的时候,需要先退出当前环境,因为自己肯定不能把自己删除吧,使用source deactivate(重启putty)

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