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10X单细胞轨迹分析之回顾

10X单细胞轨迹分析之回顾

作者: 单细胞空间交响乐 | 来源:发表于2021-04-03 15:28 被阅读0次

    清明节了,放假期间好好放松一下自己,但是我仍然记得大学老师说过的一句话,放假休息的同时,总结过去,展望以后,所以说假期是一个承前启后的时间段,今天我们不讲新的东西,而是回顾一下单细胞轨迹分析的一些内容。

    第一部分,降维,

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    第一页其实在说明为什么我们数据分析的时候为什么先要用PCA降维,PCA降维到50-100维
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    这一页讲了tSNE降维的原理和PCA的连用。那么第一个问题就来了,为什么我们要先PCA降维后再使用tSNE降维呢?看了PPT相信大家都有答案了吧

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    第三页关于UMAP降维,现在明白为什么UMAP降维后的结果cluster之间的距离为什么变得远了吧。

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    第四页,PHATE降维,优劣势一目了然。

    第二部分,轨迹分析

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    我们常见的轨迹类型。

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    分析的一般过程

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    发育基因的选择及优缺点

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    可视化的方法,知道都是什么软件做出来的么??? 图片.png

    分化推断知多少

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    推断软件哪家强???

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    强强联手结果优

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    空间轨迹如何断???

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    方法总比困难多

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    总结也是一种进步

    生活很好,有你更好

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