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【泛28】基于支持向量机的蛋白质温热性识别与亚细胞定位预测

【泛28】基于支持向量机的蛋白质温热性识别与亚细胞定位预测

作者: 看远方的星 | 来源:发表于2021-04-01 22:31 被阅读0次

一、题名

基于支持向量机的蛋白质温热性识别与亚细胞定位预测(钱宗华2007)

二、文章结构

摘要
Abstract
第一章绪论
第二章蛋白质温热性识别
第三章亚细胞定位预测
参考文献
附录
致谢
作者简介

三、关键词及摘要解读

关键词:多尺度组分和关联;支持向量机;模式识别;蛋白质热稳定性;亚细胞定位
摘要
1、本文基于蛋白质结构与其功能的联系,从蛋白质的氨基酸序列出发,提出了基于序列前后组分与关联的特征提取方法,并采用支持向量机方法进行预测,取得了较理想的预测精度。

2、本研究不仅对理解蛋白质结构与功能关系具有一定的理论价值,更对生物制药业、农业生物科技等多个应用领域具有直接或者间接的指导作用。

3、结论如下:
首先为绪论。该章综合介绍蛋白质温热性和亚细胞定位的研究背景、发展现状等,并简述新近迅速发展起来的机器学习方法一支持向量机。

其次为蛋白质温热性识别研究。本研究中,采用基于氨基酸组分和关联特征提取的新思路与方法,利用支持向量机对76对常温蛋白和嗜热蛋白训练后建模,再利用独立测试法对供检验的20对常温蛋白和嗜热蛋白进行模式识别预测。结果显示,支持向量机对常温蛋白和嗜热蛋白预测精度分别为85%、80%,相较于张光亚等研究人员运用的主成分分析法、偏最小二乘法、神经网络法中最优预测精度稍提高。

最后为蛋白质亚细胞定位预测。同样采用基于氨基酸组分和关联特征提取方法和支持向量机,对996条共分为三类的(cytoplasmic,extracellular,periplasmic)
原核生物数据集训练后建模。结果表明,运用“留一法”和“十次交叉法测试的预测精度分别达到93.57%和93.47%,与目前已知最好的预测结果相比有了一定幅度的提升。

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