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python将fasta文件均分

python将fasta文件均分

作者: 纵纵纵小鸮 | 来源:发表于2023-01-29 21:40 被阅读0次

    step1:将fasta均分为N个文件,每个文件序列数目相等

    参考这篇文章:https://blog.csdn.net/whiteof/article/details/123685985

    输出结果中每条序列格式均为:id:squence

    step2:调整输出fasta格式,将id和sequence分行

    import sys

    infile, outfile = sys.argv[1], sys.argv[2]

    def change_fasta(infa, outfile):

        outf = open(outfile, "w")

        faf = open(infa, "r")

        f = faf.readlines()

        for line in f:

            newline = line.replace(':', '\n')

            outf.write(newline)

    change_fasta(infile, outfile)

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