新冠病毒数据分析（6）：下载新冠病毒原始测序数据

作者: 基因学苑 | 来源:发表于2020-04-23 20:06 被阅读0次

新冠病毒数据分析（6）：下载新冠病毒原始测序数据
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如果不想使用别人发表出来的基因组序列，可以从网上下载一些原始测序数据。

下载测序数据

目前全球实验室每天都会产生大量新冠病毒测序数据，这些数据可以从NCBI SRA数据库进行下载，截止到3月28日，已经有288个测序数据，每个数据都有详细的元数据信息，我们可以通过左侧的Filter List进行筛选。

不同测序平台的统计

我们对不同测序平台数据进行筛选统计，目前来自Oxford Nanopore公司的Gridion平台应用最为广泛，占了248个样品，这主要是Oxford Nanopore实时测序，建库容易，以及长度长等特性特别适合病毒基因组的测序。

下载数据

筛选得到数据之后，我们只需要根据SRA数据的Accession Number号即可进行下载。

在命令行使用prefech命令即可下载。

prefetch SRR10902284 -O ./

faster-dumpSRR10902284.sra

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