强烈推荐：

这是DataCamp 的联合创始人 Martijn Theuwissen写的7步从零开始学习R，里面汇集了从0到高手需要的大部分资料，全部都是英文，并且给出了每个资源的链接。假如你的时间有限，这一篇一定要看。
R Learning Path: From beginner to expert in R in 7 steps
英文读不下去，可以先看一下这一篇中文介绍
七步即可学会R语言，从此数据分析不再怕！
当你入门了R语言后，看看这篇文章，里面总结了大部分数据处理时会用到的Ｒ包：

RStartHere
不想看英文，这是中文版本：
学习R语言，一篇文章让你从懵圈到入门
下面这个R语言进阶路径是R-bloggers网站和DataCamp合作推出的，里面涵盖了从入门到进阶的各种在线资源
Tutorials for learning R
而R-bloggers本身就是学习R语言特别好的网站。
R for Data Science Hadley Wickham重新规范了数据处理的流程
这本书相当于是给神包tidyverse的实战版，有书籍，也有网络免费版本，写得很好，强烈推荐。
当你掌握了R的基本操作，能独立做分析，想提高可以看一下Hadley Wickham的这本书，
我看到很多高手推荐：
Advanced R第二版

以下的资源中除了中文资料，大部分内容都已经在第一个链接中推荐过

交互教程（适合入门）

下面的课程我自己用过，这种循序渐进，一路保护的感觉，可以让你迅速入门
你不需要下载R，安装包，就跟着他们走，就OK了。极其友好的的入门教程，全程走下来大概两个多小时，配合中文教程，急速入门
Try R，注意要一口气学完，因为他没办法记录进度。

我更推荐的是这个来自Datacamp的入门教程，专业的入门教程，不需要任何背景，跟着教程走即可：
Introduction to R
Datacamp有完整的R语言英文教程，都能听得懂，名字叫Data Scientist with R，需要花费95小时。课程设置很有技巧，循序渐进。

网页：

中文R语言网页教程，作为储备，防止看不懂英文：https://www.w3cschool.cn/r/r_overview.html
英文R语言极简教程：http://www.r-tutor.com/r-introduction
生信技能树骨干赵飞同学写的R必备基础知识
R语言各个包里面的数据集
在R语言里除了使用help还可以查阅rdocumentation

书籍：

《R in Action》中文名称R语言实战，目前已经到了第二版
《The Art of_R Programming》
帮助Y叔入门R的电子书 http://www.burns-stat.com/documents/books/the-r-inferno/
http://www.cookbook-r.com/
这本小书是介绍R语言在生物信息学里面应用的
a Little Book of R for Bioinformatics!
JIMMY推荐的R语言大神回顾踩过的坑
R语言忍者秘笈
CRAN总结的很多电子书

R语言绘图：

《ggplot2：数据分析与图形艺术》
生物学家应该这样学R绘图-视频，数据，代码全公开
Be Awesome in ggplot2: A Practical Guide to be Highly Effective - R software and data visualization
严涛的翻译版本如下：
ggplot2高效实用指南
ggplot2高效实用指南（续）

Bioconductor

对于生信工作者bioconductor十分重要
比如在网页的search部分输入TCGA，就会得到
https://www.bioconductor.org/help/search/index.html?q=TCGA/
立马感觉学习有了方向。
此外要尝试参加一些线下的培训，比如生信技能树的培训，你去参加这样的互动，就是去开天眼的，学习是自己的事情，但是知道自己不知道才是智慧的开端。
好吧，这些是外国的课程，说实话，我之前不知道R语言可以干这些事情。
约翰•霍普金斯大学的Bioconductor学习课程
斯坦福大学的暑期小课程-用bioconductor做统计分析
如果觉得练的差不多了，来试试这些题目吧
生信编程实战5个月传送门

高人指点：

苦口婆心无比真诚的大神Jimmy–【生信菜鸟经】如何系统入门R语言
独树一帜的大神Y叔–听说你想学R？
银河统计：http://www.cnblogs.com/cloudtj/articles/5148848.html
可爱的jimmy借鉴了这篇文章的第一段话
解构R语言中的“黑魔法”