在前文中提到过日本的有机认证制度---有机JAS。有机JAS对某一些使用天然成分加工制成的化学肥料是允许使用的。
全世界最主要的有机食品消费市场是在欧洲，近五年呈现出年销售额10%的增加的趋势。其中，北美和欧洲贡献了8成的销售份额。但是全世界近一半的有机耕地集中在澳大利亚，南美和亚洲。
2001年英国土壤协会发表的研究表明，有机食品要比用惯行农法生产的农产品营养成分高，有害成分低。同时，也有一些专家提出质疑，认为有机农业偏好抗病性高的品种，而惯行农法喜好产量高的品种。无论怎样，许多的研究表明，有机农产品所含维生素C，铁等营养成分要高于惯行农法。
此外，欧洲食品安全机构（EFSA）提出惯行农法栽培的作物的农残值要远远超过规定值。日本农水省在2012年公布的数据也表明，在针对日本国内流通的农产品进行抽样检查过程中，大约0.03%是属于超标的。所以，对于普通消费者而言，似乎应该要更关注农残超标的问题才显得合乎现实。
从环境保护的角度来对比两者。在土壤流失和大气污染方面，惯行农法和有机农法难分伯仲，但是在生物多样性方面，有机农业则显示出强有力的优势。有机农业单位种植面积所消耗的能源远远低于惯行农业。特别是在果园种植方面，劳动力，机械，肥料，杂草等的管理所消耗的能源要比惯行农业低7%。但是有机农业的甲烷气体的排放所造成的环境污染程度要远远高于惯行农法。尤其是氮肥和磷肥等的流失对环境造成影响没有得到根本性的解决。
理论上而言，有机农业在二氧化碳等排放方面要远远低于惯行农业。而且农作物残渣作为有机原料在耕地进行再利用，氮氧化物的排放形成酸雨从而对环境造成污染这一问题上发挥着积极的作用。但是，至今都没有太多具体的研究成果可以证明此类问题。
一般而言，1kg的肉制品需要用20-50公斤的饲料才能换取得到。除了玉米和大豆的产量能够和惯行农法旗鼓相当之外，有机农业的产量普遍要低于惯行农业20-30%。要满足养活全世界如此多的人口是一件艰巨而现实的问题，虽然从现实角度出发，有机农业无法承担养活全世界人口和牲畜的重任，但是有机农业所能发挥的作用以及为之要进行的努力，需要进一步的探讨和实践。
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