简介
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tRNA：tRNA是mRNA翻译到蛋白的步骤中根据密码子搬运氨基酸的RNA。这个结构的最核心部位就是与密码子配对的三位碱基。tRNA长得像一个三叶草，大概76-90 bp，所以除了三位碱基，识别其二维结构，是为了知道如何折叠成三叶草。 -
tRNAscan-SE用 Perl 整合了tRNAscan、EufindRNA 和Cove3个tRNA检测软件。首先调用 tRNAscan和EufindRNA鉴定基因组序列中 tRNA区域，然后调用Cove进行验证。 - 目前2.0版本正在beta阶段，最新的下载稳定版本为1.3.1
- 网页版是2.0版，会根据数据库找最相似的tRNA。
- 如只需安装看步骤即可，说明中总结我遇到的问题。
本地化安装步骤
- 进入
Linux。 - 下载 tRNAScan-SE 1.3.1.tar.gz
- 解压缩
- 进入 tRNAScan-SE 1.3.1 目录
- 修改 Makefile 中的相关路径，能sudo安装到opt里就不用这步。
- make 编译
- 安装
- 运行 testrun 检验是否运行成功
- 删除 make 的文件
命令
wget http://lowelab.ucsc.edu/software/tRNAscan-SE-1.3.tar.gz
tar tRNAscan-SE-1.3.tar.gz
cd tRNAscan-SE-1.3.1
sudo make
make install
make testrun
make clean
安装过程说明
- 从服务器下载 tRNAScan-SE 1.3.1.tar.qz（2017-07-26最新），在其web server 页面没有找到关于本地版的说明。
- 如果你有root权限，又和我一样还不太懂$PASH怎么改，就不要自己修改安装路径了。默认安装在根目录opt文件夹里的biosoft文件夹中。
- 安装过程中有一些提示信息，不懂可以不管。也是关于改路径的。
Makefile 里面的安装路径是：
BINDIR = /opt/biosoft/tRNAscan-SE-1.3.1/bin
LIBDIR = /opt/biosoft/tRNAscan-SE-1.3.1/lib/tRNAscan-SE
MANDIR = /opt/biosoft/tRNAscan-SE-1.3.1/man
使用说明
- 建议去网页版 Web Server提交示例。然后看一下返回的结果，和实际运行的代码。
网页版运行后给出的运行的命令行：
tRNAscan-SE -qQ -Y -o# -m# -f# -l# -c tRNAscan-SE.conf -s# (fasta file)
- 其中.conf文件是一个设置文件，可以点开看。
- 输出的结果里面有两个score，
- cove score，最后的一个分值，最低20，是每一个isotype的分值
- 还有一个infernal score，是用来过滤，提高计算速度的
- 帮助文件运行 tRNAsecn-SE -h，参考3的说明挺详细。
- 运行的主要参数包括
- 选择tRNA类型（默认细菌）-B
- 不检测是不是假基因 -D
- 输出文件的类型：
- -o <file> 总结果
- -f <file> 二级结构结果
- # 如果把 # 放在<file>处，没有空格隔开表示使用默认名字
- 文档中提供了一个postscript的帮助，Mannual.ps，我用的远程登录ssh，也不知道怎么打开图形界面，所以下到本地又下了GView 和 Ghostscript打开的。30多页，可是也没有觉得有什么特别有用的。写着有个html版本的，可是现在也打不开了。
结果确认
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网页目前使用的是2.0版本
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使用的序列是NCBI上面下载的细菌基因组，其注释信息显示有39个tRNA，4.62MB。
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测试
- 设置1： default:返回41个结果，速度最快，大约10s。
tRNAscan-SE -qQ -Y -o# -m# -f# -l# -c tRNAscan-SE.conf -B -s# (fasta file) - 设置2：Legacy(tRNAscan+Eufindtran -> cove) -：返回39个结果
tRNAscan-SE -qQ -Y -o# -m# -f# -l# -c tRNAscan-SE.conf -L -B -s# (fasta file) - 设置3：不适用过滤算法，等了30min还在计算，果然很慢，放弃。
- 设置1： default:返回41个结果，速度最快，大约10s。
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区别： -L参数默认值为116bp，大于这个数值的tRNA被删除，删除的这两个的确没有对应到NCBI里面的结果。
两个.conf本身没有区别。
观察了下，被滤掉的2条大于116bp的序列cove score在30以下，且二维结构里面看出来成环的区域很长，就是下面的...很长，箭头和箭头连起来后会很不稳定的样子。
Seq: TGTAGGATGTTGAAATTGGCaGACAAGCCCTCCTGTCTCGGGGGTGGGGAAcccagcataaagcgtaattcaaaccggactattgccTAACgACCCCGTGGAGGTTCGAATCCTTCTCCTACAG
Str: >>>>>>>..>>>...........<<<.>>>>>.......<<<<<.>>>>............................................<<<<..>>>>>.......<<<<<<<<<<<<.
- 如果选的是真核模式，预测出来的是38条，所以模式还是很重要。
参考
[1] 说明了安装过程的提示信息是用于修改c shell的
[2] 关于postscript的说明和如何看结果
[3] 详细的网页版输出结果说明
[4] 关于2.0的2016年的论文
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