利用好conda构建环境，处理不同版本软件的冲突

一台服务器，如果安装的软件多了，难免会各种冲突，好在docker和conda都可以解决这个问题

docker运行麻烦一点，还是优先从conda入手

conda list # 列出安装的软件包

conda clean --all #清除无用的软件包，在codna安装软件有冲突的时候可以试试

conda search <package ambigious name> # 搜索需要安装的软件包，获取其完成名字

conda install numpy=1.7.2 # 安装特定版本的软件包

conda remove <package name> # 移除软件包

conda remove <package name> --force #强制移除软件包，可不卸载依赖包

# 显示已有的通道

conda config --get channels 或者 conda config --show channels

conda config --add channels conda-forge # Lowest priority

conda config --add channels defaults

conda config --add channels bioconda

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/ 

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/  ##清华通道，最高优先级

conda config --set show_channel_urls yes

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##设置优先channels，conda会能更快的解决依赖关系

conda config --set channel_priority strict #这个命令只需要运行一次) 

#remove channels

conda config --remove channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/

# 新建一个环境，命名为phylo，指定其内安装的python版本为2.7

conda create -n phylo python=2.7

# bioconda通道里面也有ete3, 下面的安装未指定具体通道，将在前面设定的几个通道里面按先后顺序查找安装

conda install -n phylo ete3 ete3_external_apps

#移除环境

conda remove -n phylo --all

# copy env

conda create -n python35copy --clone python35

# import env

# 假设我们有一个环境叫 ehbio，可以导出为一个yml文件

conda env export --file ehbio_env.yml --name ehbio

# 然后换一台电脑，就可以完全重现这个环境了

conda env create -n ehbio --file ehbio_env.yml

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如果遇到CondaHTTPError的情况，首先检查有没有网络，如果确定有，则修改~/.condarc

删除default channel，并且添加 ssl_verify: false

安装软件时候，优先安装能解压直接用的那种，其次考虑安装到conda环境中，再次考虑直接conda install XX，把它装到miniconda3/bin里，最后可以考虑使用 configure make 这种安装方式