美文网首页
RBP AS生信流程(N)cytoscape构建RBP调控可变剪

RBP AS生信流程(N)cytoscape构建RBP调控可变剪

作者: cHarden13 | 来源:发表于2021-01-13 20:30 被阅读0次

    输入文件:
    1.RBP与AS相关性文件allcorResult.txt:


    allcorResult

    2.节点属性文件nodeType.txt(构建方法在脚本提取节点名.R里):


    nodetype

    方法:
    将allcorResult.txt导入cytoscape,source node选SF,target node选AS,interaction type选regulation:


    选择属性

    导入后在左边的sytle选择biopax_sif。
    将节点属性文件nodeType.txt导入,在左边style-edge-color(unselected)里选择,负调控选绿色(0,255,0),正调控选红色(255,0,0)。width选择2
    最后在node里调整形状(shape)、大小、颜色,AS为圆形,RBP为三角形,AS为粉色(255,205,205),RBP为(130,130,255)。label font size里,AS为10,RBP为15。

    相关文章

      网友评论

          本文标题:RBP AS生信流程(N)cytoscape构建RBP调控可变剪

          本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/oufpaktx.html