RBP AS生信流程（五）RBP定量和AS事件相关性

featurecounts的输出文件

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featurecounts输出文件

第一行是运行代码，第一列为基因名，第七列为每个基因上的count数，现在要舍去第一行，并只保留第一列和第七列：

cut -f 1,7 SRR830973.counts.txt |grep -v '^#' >SRR830973.fc.txt
#-v: 显示不包含匹配文本的所有行

#写循环处理15个心衰样本：
for i in {830973,830974,830975,830976,830977,830978,830979,830980,830981,830982,830983,830984,830985,830987,830988}
do
    cut -f 1,7 SRR${i}.counts.txt|grep -v '^#' >SRR${i}.fc.txt
done

得到如下文件：

SRR830973.fc.txt

接下来用R分析：
在C:\Users\tdy1995\Desktop\GSE46224文件夹里，脚本为countnew.R，输入文件为GSE46224里15个心衰样本，经过STAR比对及featurecounts计数后的txt文件(SRR830973.fc.txt)，输出文件为表达矩阵symbol.txt。
然后用perl脚本提取RBP的表达量，输入文件为全部基因表达矩阵symbol.txt、RBP的名字RBPgene.txt，perl脚本为AS.getSFexp.pl，输出文件为RBPexp.txt。