翻译 | 用Python将相应的mRNA序列翻译为氨基酸序列

作者: 懒猪曼达 | 来源:发表于2022-10-10 11:20 被阅读0次

翻译 | 用Python将相应的mRNA序列翻译为氨基酸序列
利用R语言将mRNA翻译为氨基酸序列
Python 碱基翻译
将RNA序列翻译为蛋白质序列
GFF文件和基因组文件提取mRNA,cds,protein序列
Uniport ID Blast 转换ID
1-RxSwift中基本概念和使用
BLAST分类
如何将核酸序列转化为蛋白氨基酸序列（web tools篇）
根据基因组fa文件和gff文件提取cds并翻译成pep

输入文件的格式及内容如下：

>A06662.1 Synthetic nucleotide sequence of the human GSH transferase pi gene

UGGGACCAGUCAGCAGAGGCAGCGUGUGUGCGCGUGCGUGUGCGUGUGUGUGCGUGUGUGUGUGUACGCUUGCAUUUGUGUCGGGUGGGU...

（在读取的过程中，一次要读三个字符的RNA序列，对于每组三个字符（即密码子），相应的氨基酸必须能在遗传密码中找到，用于终止或者截短密码子（分别是* 和 - ）的特殊字符也需要考虑。每个阅读框都应该重复这个过程，输出的文件将包含每个阅读框翻译出的序列）

代码实例

输出结果

翻译 | 用Python将相应的mRNA序列翻译为氨基酸序列
输入文件的格式及内容如下：>A06662.1 Synthetic nucleotide sequence of t...
利用R语言将mRNA翻译为氨基酸序列
将mRNA翻译为氨基酸序列，我们主要要解决以下几个问题：1.建立类似于Python中字典的数据结构，将密码子与氨基...
Python 碱基翻译
结果如下：要翻译的碱基序列为：dna = "ATGTTCGGTGATGCTACGTAACGT" 翻译后的氨基酸序列...
将RNA序列翻译为蛋白质序列
GFF文件和基因组文件提取mRNA,cds,protein序列
首先是用gffread提取cds序列,蛋白序列,转录本序列接下来我们利用组合工具来提取mRNA,和gene序列 ...
Uniport ID Blast 转换ID
1.获取uniport 蛋白序列根据uniport ID提取相应的氨基酸序列（这里选择10.5 版本，ID为MS...
1-RxSwift中基本概念和使用
RxSwit中最重要的一个概念叫做Observable，我们可以把他翻译为序列、可观察序列等等流、序列、可观察序...
BLAST分类
BLASTn：用核酸序列搜索核酸序列数据库 BLASTx：将核酸序列按6条链翻译成蛋白质序列后搜索蛋白质序列数据库...
如何将核酸序列转化为蛋白氨基酸序列（web tools篇）
在我们的工作中，常常会有将一段未知或已知核苷酸序列（DNA/RNA）翻译成氨基酸序列的需求。如果编程基础过硬的话，...
根据基因组fa文件和gff文件提取cds并翻译成pep
cds文件：注释信息里的蛋白编码序列pep文件：cds对应序列翻译成的氨基酸序列从NCBI上下载基因组时，有的并没...