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双末端测序与数据处理

双末端测序与数据处理

作者: Peng_001 | 来源:发表于2020-06-11 19:34 被阅读0次

双末端测序read2是对read1(模版链) 互补链进行测序。(将模版链切除)


其余步骤完全同read1。

PCR扩增-> 测序

数据处理

basecalling

首先获得basecalling(.bsl)文件

  • basecalling 原理


  • bsl文件内容


文件转化

因为bsl文件是二进制文件,并不是我们熟知的fastq文件,因此我们还需要进行文件转化。一般使用bsltofastq

实际读取荧光信号的操作中会利用荧光波长存在交叉的原理。(嘌呤间、嘧啶间)


  • 利用读取的分辨率进行判断。利用矩阵信息,解方程求解,通过各种碱基可能的概率,选择其中最有可能的结果。


  • 读取的强度信息


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