故事情节发生在二战即将结束时期，此时美国军队已经打到了日本本土。该片通过讲述哥哥（清太）和妹妹（节子）二人在战争中相依为命，最后兄妹二人都相续去世的故事，从而揭示了战争的残酷以及给人们带来的巨大伤害。
哥哥带着妹妹躲避炸弹
母亲临走前叮嘱清太照顾好妹妹，当飞机投下炸弹时，清太带着妹妹到处去躲避空袭，而此时母亲已被炸弹炸伤，并且即将去世。虽然自己心里也很害怕，但作为兄长，清太必须安慰好妹妹。
节子想见母亲，而此时母亲已去世，哥哥不能告诉妹妹实情的无奈
作为兄长，不仅要承受母亲去世所带来的痛苦还要照顾好妹妹，此时的他感觉到了自己身上的重担。
兄妹二人在亲戚家受到歧视
在亲戚家里，兄妹二人受到了亲戚的歧视。哥哥把全部的精力都花在了照顾妹妹身上，因此没能帮上亲戚家的忙，也没能为自己的国家作出亲戚认为该做的贡献。
清太带着妹妹住进防空洞
因为受不了那种歧视，清太带着妹妹住进了防空洞。在这里他们度过了一段欢乐的时光，但紧接而来的温饱问题让兄妹俩开始艰难生活。
节子给妈妈做坟墓
节子知道母亲去世的时候给母亲做了一个坟墓，并将昨晚死去的萤火虫埋葬在里面。此时的哥哥也控制不住自己的感情……
清太因为没有食物而带领妹妹偷庄稼
在一次回“家”路上，清太和妹妹因躲避空袭而偶然发现别人的庄稼，饥饿的他们便慌忙的偷了别人的东西。
妹妹因为营养不良而昏倒
因为营养不良，节子最后昏倒在路旁，当哥哥听医生说需要给节子补充营养时，去银行把父母存的钱全部拿出来准备给妹妹买些吃的，然而当清太回到“家”，妹妹已经快不行了，此时的清太只能眼睁睁看着妹妹闭上眼睛……
清太将妹妹火化
面对母亲、父亲以及妹妹的相续离世，清太感到世界上所有的人都抛弃了自己。
萤火虫之墓
这部电影以二战时的日本为题材，初次看起来，让人们觉得日本是受害国，但电影是想借此表达对和平的向往，揭示了战争给人类带来的灾难性的毁灭。也许，很多年之后，只有历史学家才记得这场战争，但电影表现出来的兄妹之情将被人们永远铭记！
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