hic分析之 hic-pro 介绍与安装

一、hic-pro是什么，参考网页：

[GitHub] https://github.com/nservant/HiC-Pro
[DOCUMENTATION] http://nservant.github.io/HiC-Pro/

hic pro 将下机的fastq文件

SRR400264_00_R1.fastq.gz 
SRR400264_00_R2.fastq.gz

处理成有互作的

dixon_2M.allValidPairs

然后用转化为可视化的.hic文件（for juicer ）

二、install

The HiC-Pro pipeline requires the following dependencies :

• bowtie2 mapping工具
• Python (>2.7) with pysam (>=0.8.3), bx(>=0.5.0), numpy(>=1.8.2), and scipy(>=0.15.1) python的库
• R with the RColorBrewer and ggplot2 两个R包
• g++ compiler
• Samtools (>0.1.19)

Bowtie >2.2.2 is strongly recommanded for allele specific analysis.

To install HiC-Pro (>=2.7.8):

tar -zxvf HiC-Pro-master.tar.gz
cd HiC-Pro-master
## Edit config-install.txt file if necessary
make configure
make install

注意编辑
config-install.txt 和config-system.txt的时候，最好which 上面的依赖位置。

三、参考文件

需要三个参考文件，两个

/PATH/TO/HiC-Pro_2.11.1/annotation
chrom_hg19.sizes     
chrom_mm10.sizes
HindIII_resfrag_mm10.bed  
HindIII_resfrag_hg19.bed

1.根据限制性内切酶消化的参考基因组信息 .bed文件

head HindIII_resfrag_hg19.bed
chr1    0       16007   HIC_chr1_1      0       +
chr1    16007   24571   HIC_chr1_2      0       +
chr1    24571   27981   HIC_chr1_3      0       +
chr1    27981   30429   HIC_chr1_4      0       +
chr1    30429   32153   HIC_chr1_5      0       +
chr1    32153   32774   HIC_chr1_6      0       +
chr1    32774   37752   HIC_chr1_7      0       +
chr1    37752   38369   HIC_chr1_8      0       +
chr1    38369   38791   HIC_chr1_9      0       +

2.染色体大小的表格文件

head chrom_hg19.sizes
chr1    249250621
chr2    243199373
chr3    198022430
chr4    191154276
chr5    180915260
chr6    171115067
chr7    159138663
chr8    146364022
chr9    141213431
chr10   135534747
（…………）

3.bowtie2 indexes
不细说

四、用法

#test
HiC-Pro -i /PATH/TO/HiC-Pro_2.11.1/test-op/hicpro_latest_test -c /PATH/TO/HiC-Pro_2.11.1/HiC-Pro_2.11.1/test-op/config_test_latest.txt 

先编辑config-hicpro.txt 每个任务，对应一个config文件
看一下config文件是什么？

# Please change the variable settings below if necessary

#########################################################################
## Paths and Settings  - Do not edit !
#########################################################################

TMP_DIR = tmp
LOGS_DIR = logs
BOWTIE2_OUTPUT_DIR = bowtie_results
MAPC_OUTPUT = hic_results
RAW_DIR = rawdata

#######################################################################
## SYSTEM AND SCHEDULER - Start Editing Here !!
#######################################################################
N_CPU = 2
LOGFILE = hicpro.log

JOB_NAME =
JOB_MEM =
JOB_WALLTIME =
JOB_QUEUE =
JOB_MAIL =

#########################################################################
## Data
#########################################################################

PAIR1_EXT = _R1
PAIR2_EXT = _R2

#######################################################################
## Alignment options
#######################################################################

MIN_MAPQ = 10

BOWTIE2_IDX_PATH =
BOWTIE2_GLOBAL_OPTIONS = --very-sensitive -L 30 --score-min L,-0.6,-0.2 --end-to-end --reorder
BOWTIE2_LOCAL_OPTIONS =  --very-sensitive -L 20 --score-min L,-0.6,-0.2 --end-to-end --reorder

#######################################################################
## Annotation files
#######################################################################

REFERENCE_GENOME = hg19
GENOME_SIZE = chrom_hg19.sizes

#######################################################################
## Allele specific analysis
#######################################################################

ALLELE_SPECIFIC_SNP =

#######################################################################
## Capture Hi-C analysis
#######################################################################

CAPTURE_TARGET =
REPORT_CAPTURE_REPORTER = 1

#######################################################################
## Digestion Hi-C
#######################################################################

GENOME_FRAGMENT = HindIII_resfrag_hg19.bed
LIGATION_SITE = AAGCTAGCTT
MIN_FRAG_SIZE =
MAX_FRAG_SIZE =
MIN_INSERT_SIZE =
MAX_INSERT_SIZE =

#######################################################################
## Hi-C processing
#######################################################################

MIN_CIS_DIST =
GET_ALL_INTERACTION_CLASSES = 1
GET_PROCESS_SAM = 0
RM_SINGLETON = 1
RM_MULTI = 1
RM_DUP = 1

#######################################################################
## Contact Maps
#######################################################################

BIN_SIZE = 20000 40000 150000 500000 1000000
MATRIX_FORMAT = upper

#######################################################################
## Normalization
#######################################################################
MAX_ITER = 100
FILTER_LOW_COUNT_PERC = 0.02
FILTER_HIGH_COUNT_PERC = 0
EPS = 0.1

需要修改的地方：

#######################################################################
## SYSTEM AND SCHEDULER - Start Editing Here !!
#######################################################################
N_CPU = 2
LOGFILE = hicpro.log

JOB_NAME =
JOB_MEM =
JOB_WALLTIME =
JOB_QUEUE =
JOB_MAIL =

BOWTIE2_IDX_PATH =

#######################################################################
## Digestion Hi-C
#######################################################################

GENOME_FRAGMENT = HindIII_resfrag_hg19.bed
LIGATION_SITE = AAGCTAGCTT
MIN_FRAG_SIZE =
MAX_FRAG_SIZE =
MIN_INSERT_SIZE =
MAX_INSERT_SIZE =

注意一个细节：

/PATH/TO/HiC-Pro/HiC-Pro_2.11.1/test-op/hicpro_latest_test
├── dixon_2M
│   ├── SRR400264_00_R1.fastq.gz
│   └── SRR400264_00_R2.fastq.gz
└── dixon_2M_2
    ├── SRR400264_01_R1.fastq.gz
    └── SRR400264_01_R2.fastq.gz

HiC-Pro 
### -i 需要输入input文件夹，要按照上面那个格式，将 hicpro_latest_test 作为input目录，下面可以加入样品分组目录。
-i /PATH/TO/HiC-Pro_2.11.1/test-op/hicpro_latest_test  
-c /PATH/TO/HiC-Pro_2.11.1/HiC-Pro_2.11.1/test-op/config_test_latest.txt 

下一章 hic分析之分步工作原理

写在最后，珍惜生命，别用mac。