HiC-Pro的安装

要使用HiC数据就会不可避免的要使用到HiC-Pro，但是HiC-Pro是一个比较难缠的软件，需要安装的东西比较多，会影响的东西比较多，因此我们使用conda建立一个新环境来安装HiC-Pro。

1. 创建一个环境并激活环境

conda create -n hicpro
conda activate hicpro

2. 安装python-3.7.11

conda install python=3.7.11

3. 安装python所需要的包

pip install argparse iced numpy scipy pandas pysam bx-python 

其版本如下

软件	版本
argparse	1.4.0
bx-python	0.8.13
iced	0.5.10
numpy	1.21.6
scipy	1.7.3
pandas	1.3.5
pysam	0.19.0

比这个版本高也可以使用。

4. 安装R包

conda install r-ggplot2=3.0.0

5. 安装g++

conda install g++

6. 安装samtools和bowtie2

conda install samtools=1.12 bowtie2=2.3.5.1 

接下来就是安装软件了。

wget -c https://github.com/nservant/HiC-Pro/archive/refs/tags/v3.1.0.tar.gz
tar -zxvf v3.1.0.tar.gz
cd HiC-Pro-3.1.0
make configure
make install

接下来就安装完了，测试一波。

实测可用！