转录本的定量

一般来说大多数人做转录组的时候都只会直接使用基因定量的结果，但是要是触及到可变剪切这些内容，那么仅仅依靠基因定量是不行的，需要转录本的定量

转录组入门（6）： reads计数 | Public Library of Bioinformatics (plob.org)

在转录本水平上，一般常用工具为Cufflinks和它的继任者StringTie， eXpress。这些软件要处理的难题就时转录本亚型（isoforms）之间通常是有重叠的，当二代测序读长低于转录本长度时，如何进行区分？这些工具大多采用的都是expectation maximization（EM）。

转录组分析 | 使用RSEM进行转录本定量 - 知乎 (zhihu.com)

stringTie:转录本组装和定量工具 - 云+社区 - 腾讯云 (tencent.com)

转录本定量（二代、三代）——salmon、stringtie - becky_gogogo - 博客园 (cnblogs.com)