1.4hisat2相关语句

理解下列语句

mkdir -p RNA-Seq/aligned
for i in `seq 57 62`
do
    hisat2 -t -x reference/index/hg19/genome -1 RNA-Seq/SRR35899${i}_1.fastq.gz -2 SRR35899${i}_2.fastq.gz -S RNA-Seq/aligned/SRR35899${i}.sam &
done

代码	意义
mkdir -p **/**	--parents 需要时创建上层目录，如目录早已存在则不当作错误
for i in '***' do...${i} done	for循环，本例内i 分别引用字符seq；57；62。
&	多任务并行，hisat2-align一个任务大概4G上下内存，根据资源设置最大并行数
hisat2 -x aaaa/genome -1 BBB/bbb.fastq.gz -2 CCC/ccc.fastq.gz -S DDD/ddd.sam	hisat2基础句式，aaa为index文件夹，此处为hg19，bbb和ccc为双端fastq文件，ddd为目的sam文件,AAA,BBB,CCC为对应文件所在目录。
-t -x -1 -2 -S	-x参考基因组-1第一个-2第二个-S为SAM。-t 记录运行时间。另外-U为单端；--summary-file为输出比对信息为file；-p **为线程数。
2>siSUZ12_2.log	输出记录

活学活用

for i in `0 2 4`
do
hisat2 -t -x ../hg19/genome -1 ../../${i}h/${i}h_combined_R1.fastq.gz -2 ../../${i}h/R19000257LR01-${i}h_combined_R2.fastq.gz -S ../../aligned/${i}h.sam 2>../../aligned/${i}h.log
done

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关于for语句的一点小问题

加上想要循环计算某一串数字+2

for i in 2 4 6; do ADD=$((2+$i)); echo $ADD; done

结果

如果加上引号，就是字符类型而不是numeric了

for i in '2 4 6'; do ADD=$((2+$i)); echo $ADD; done

结果
另外如果使用{}引用也行，记得加逗号分开...
错误示范
欧了
用seq 2 6(注意是倒单引号`不是单引号)则指的是2.3.4.5.6
seq

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参考文献

转录组入门（5）： 序列比对https://www.jianshu.com/p/681e02e7f9af
mkdir命令 https://blog.csdn.net/gao199108/article/details/77340753
避免使用裸的 mkdir -phttps://blog.csdn.net/colin5300/article/details/78067153
在Linux终端中进行算术运算的5种方法https://www.linuxidc.com/Linux/2019-01/156304.htm
linux命令 For循环https://blog.csdn.net/theomarker/article/details/81191738
利用简单的语句实现for循环并行处理命令(https://www.cnblogs.com/muuyouzhi/p/8898567.html)
shell脚本中使用for循环开启并行方法https://blog.csdn.net/zcb_data/article/details/80533808
Hisat官方手册https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/manual.shtml
linux 中特殊符号用法详解

可控 Bash脚本实现批量作业并行化https://www.linuxidc.com/Linux/2015-01/112363.htm

-m, --mode=MODE set file mode (as in chmod), not a=rwx - umask
-p, --parents no error if existing, make parent directories as needed
-v, --verbose print a message for each created directory
-Z set SELinux security context of each created directory
to the default type
--context[=CTX] like -Z, or if CTX is specified then set the SELinux
or SMACK security context to CTX
--help display this help and exit
--version output version information and exit